@@ -1,198 +0,0 @@
[[Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index]]
### Lipider

• Membranlipider; amfipatibegreppet. 
• Kolesterol (struktur ska kunnas). 
• Fosfolipider (principiell struktur ska kunnas). 
• Glykolipider (principiell struktur ska kunnas). 
• Bildning av miceller och membran. 
• Transportformer: översikt om lipoproteiners struktur och funktion.
* Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner. *
### Från aminosyror till proteiner

• Stereoisomerer. 
• De 20 aminosyrornas kemiska egenskaper och principiella struktur. 
• Kovalent modifiering av aminosyror. 
• Peptidbindningen; prolin och cystein – 
• Primär-, sekundär-, tertiär- och kvartärstruktur. 
• a-helixar och b-flak: uppbyggnad och stabilisering. 
• Principer för proteinveckning; stabilisering av 3D-struktur. 
• Disulfidbindningar; protein-disulfidisomeras. 
• Chaperoner och chaperoniner. 
• Prioner. 
* Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera. *
* Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning. *
### Kolhydrater. Struktur

• Monosackarider: glukos (struktur ska kunnas), galaktos, N-acetylglukosamin, N-acetylgalatosamin, fukos, sialinsyra. 
• Disackarider: laktos, galaktosemi, laktosintolerans. 
• Glykokonjugat: glykoproteiner (N-/O-länkade), glykolipider, proteoglykaner (principiell struktur ska kunnas), mucopolysackaridos. 
• Diversitet - AB0-systemet. 
* Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller. *
### Att utforska proteiner

• Proteiners kemiska/fysikaliska egenskaper som grund för rening. 
• Gelfiltrering, jonbytes- och affinitetskromatografi. 
• Elektrofores: SDS-PAGE, isoelektrisk fokusering. 
• Immunologiska tekniker och ”blottning”; antikropp/antigen. 
• Mono- vs polyklonala antikroppar. 
• ELISA-princip och kliniska exempel. 
• Struktur-bestämning: röntgenkristallografi, NMR, cryo-EM. 
### Hemoglobin

• Myoglobin och hemoglobin: struktur (porfyrinring, Fe). 
• Kooperativitet; syrebindningsförmåga. 
• Alloster reglering: CO₂, H⁺, BPG – 
• Mättnadskurvor; syretransport till vävnad. 
• HbF vs HbA – 
• Sickle-cell-anemi: molekylär bakgrund. 
### Nukleotider

• Enzymer: DNA-pol, RNA-pol, ribosom. 
• Nukleotider/nukleosider: principiell struktur. 
• Komplementär basparning; stabilitet hos dsDNA/RNA. 
• Ribonukleotidreduktas. 
### Biokemi ur ett evolutionsperspektiv

• DNA-replikation: grundläggande processer; replikationsgaffel/repliosom. 
• Enzymaktiviteter: endo-/exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA-ligas. 
• Processivitet och proofreading. 
• DNA-topologi: superhelicitet, topoisomeraser. 
• Transkription: RNA-pol I/II/III; capping, polyadenylering, splicing; snRNA. 
• Prokaryot transkription: särdrag; koppling transkription-translation; operon; bakteriofag; plasmid. 
• Kromatin: DNA-organisation; nukleosom; kromatin-nybildning. 
• Replikationsstart i eukaryoter: ARS/ori; ORC, CDC6, MCM; cellcykelkoppling; telomerer. 
• Translation: tRNA-struktur/funktion; aminoacylering; ribosom; initiering/elongering/translokation/terminering; reglering. 
• Termodynamikens 3 lagar; H, S, G, ΔG, E0′ 
• Enzymer I: aktiveringsenergi, övergångstillstånd, katalys. 
• Enzymer II: aktiva säten; hastighetskonstanter; steady-state; Michaelis-Menten (KM, Vmax, kcat); inhibitorer (kompetitiv/okompetitiv/non-kompetitiv); kofaktorer; vitaminer; kopplade reaktioner; exempel: proteaser (chymotrypsin, katalytisk triad), Ser/Thr- och Tyr-kinaser, fosfataser, syntaser, oxidoreduktaser. 
• Introduktion till metabolism: energiomvandling; anabolism/katabolism; katabolismens stadier; metaboliter/vägar; ATP, NAD(P)H, FADH₂; fosforyltransferpotential; energikvot; oxidation/reduktion; hydrolys/kondensation; B-vitaminer. 
• Glykolys: reaktioner/metaboliter; enzymer; substratnivåfosforylering; reglering (alloster, feedforward, feedback); anaerob/aerob; GLUT; Warburg-effekten. 
• Glykogen: struktur (α α 
• Glukoneogenes: reaktioner/enzymer/reglering; PFK-2/FBP-2; substrat; laktatdehydrogenas; Cori-cykeln; laktatets öden. 
• Citronsyracykeln: PDH-komplex; prostetisk grupp; CoA/acetyl-CoA; reaktioner/enzymer; dekarboxylering; dehydrogenering; reglering; hypoxi, HIF-1. 
• Betaoxidation och TAG-syntes: fettsyrefrisättning; mitokondrietransport; betaoxidation; ketonkroppar; fettsyra/TAG-syntes. 
• Elektrontransportkedja/oxidativ fosforylering: mitokondriens suborganeller; redoxpotential; elektronbärare; NADH→O₂; respiration; protonpumpning; elektrokemisk gradient; ATP-syntas; frikopplare; membrantransport; inhibitorer; NADH-shuntar; ATP-utbyte. 
• Aminosyrametabolism: proteinogena/icke-proteinogena aminosyror; användning; upptag; essentiella/icke-essentiella; glukogena/ketogena; biosyntes; aminotransferaser; PKU; glutamat/glutamatdehydrogenas; ureacykel; extrahepatiska vävnader; kvävetransport; påfyllnadsreaktioner. 
• Nukleotidnedbrytning: puriner/pyrimidiner; pentoser; skillnader i slutprodukter; pentosfosfat till glykolysintermediär/acetyl-CoA; gikt; två behandlingsstrategier. 
• Pentosfosfatvägen: NADPH och ribos-5-fosfat – 
• Kolesterolsyntes: källor; position i metabolism; ATP-citratelyas; HMG-CoA-reduktas (fyra regleringsmekanismer); tre huvudmekanismer för intracellulär kolesterolkontroll; funktion; utsöndring; enterohepatiska kretsloppet. 
• Heme: syntes; nedbrytning; porfyrier (översikt). 
• Cellmembran: membranlipider/proteiner; barriärfunktion; membrandomäner; glykokalyx (struktur/igenkänning); cell-cell-interaktioner; adhesionsmolekyler. 
• Transport över membran: diffusion; faciliterad diffusion; bärarproteiner; aquaporiner; jonkanaler/aktivering; osmos; kanalfogar; aktiv transport (primär/sekundär; P-typ; Na⁺/K⁺-ATPase; ABC-transportörer; MDR-proteiner); uniport/antiport/symport. 
Mål
• Beskriva hur olika bindningar bidrar till strukturen hos makromolekyler. 
• Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner. 
• Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera. 
• Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning. 
• Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller. 
• Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion. 
• Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper. 
• Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes. 
• Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen. 
• Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt). 
• Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler. 
• Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. 
• Funktionen hos enzymer som verkar på DNA. 
• Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA. 
• Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing). 
• De typer av DNA som finns i prokaryoter. 
• Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter. 
• Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad. 
• Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler. 
• Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein. 
• Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter. 
• Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll. 
• Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner. 
• Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion. 
• Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet. 
• Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta. 
• Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering. 
• Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys. 
• Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad. 
• Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned. 
• Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering. 
• Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering. 
• Redogöra för laktats roll i metabolismen. 
• Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering. 
• Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering. 
• Redogöra för omsättningen av triacylglycerol. 
• Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning. 
• Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering. 
• Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till. 
• Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror. 
• Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α 
• Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT. 
• Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU. 
• Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering. 
• Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism. 
• Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning. 
• Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett). 
• Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion. 
• Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till. 
• Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes. 
• Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress. 
• Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering. 
• Redogöra för omsättningen av heme. 
• Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt. 
• Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran. 
- Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion.
- Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper.
- Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes.
- Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen.
- Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt).
- Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler.
- Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler.
- Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.
- Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA.
- Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing).
- De typer av DNA som finns i prokaryoter.
- Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter.
- Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad.
- Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler.
- Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein.
- Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter.
- Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll.
- Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner.
- Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion.
- Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet.
- Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta.
- Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering.
- Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys.
- Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad.
- Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned.
- Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering.
- Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering.
- Redogöra för laktats roll i metabolismen.
- Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering.
- Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering.
- Redogöra för omsättningen av triacylglycerol.
- Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning.
- Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering.
- Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till.
- Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror.
- Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α
- Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT.
- Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU.
- Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering.
- Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism.
- Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning.
- Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett).
- Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion.
- Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till.
- Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes.
- Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress.
- Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering.
- Redogöra för omsättningen av heme.
- Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt.
- Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran.
