vault backup: 2025-12-09 15:12:34

content/Biokemi/Makromolekyler/Cellmembran/Anteckningar.md

@@ -0,0 +1,132 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - cellmembran
+  - anteckningar
+föreläsare: Susann Teneberg
+---
+
+Integrala membranproteiner. Aminosyror med hydrofoba sidokedjor, de har fläckar som är starkt hydrofoba. De sitter hårt associerade till membranet för att få ut de i en lösning får man använda nån form av detergent
+
+Finns olika varianter, detergenter är små amfipatiska molekyler, tex gallsyror
+
+Detergenterna kommer att i de hydrofoba regionera att sätta sig med sina hydrofoba svanser, mot de hydrofoba aminosyrororna. Man maskerar de hydrofoba områderna med hjälp av detergenterna på så sätt kan man få ut dom i en vattenlösning och studera på ett eller annat sätt
+Men membranproteiner är jobba att hantera, detergentern kladdar gärna ihop sig. De är svårstuderade i allmänhet.
+
+Vanliga protainer har hur många kristallstruktuer som vi vet hur de ser ut. Nästan alla transportproteiner som vi har i blodbanan är hydrofoba på sina ytor
+
+I MB har vi bara kristallstrukturer på säg 20 st, kan inte så mycket om de än.
+
+- Integrala
+Här finns det 3 olika klasser/varianter. Den vanligaste är att proteinerna har en eller flera 𝛼-helixar som går genom membranet
+![[Pasted image 20251118084220.png]]
+Alfahelixarna bildar i princip en kanal med hydrofoba utåt och hydrofila inåt som tillåter transport, det är vanligt för transportproteiner.
+transportproteiner har en eller flera alfahelixar.
+
+7TM - seven transmembrane, 7 st alfahelixar som passerar ett membran och bygger upp en kanal.
+- transporterar vatten/joner, vad som helst som bromsar av de hydrofoba svansarna. Glykol, aminosyror, vad som helst som har en **hydrofil karaktär**
+
+längden på dessa alfahelixar är ungefär 20 aminosyror för att kunna spänna över lipidlagret i CM där de flesta har hydrofobkaraktär. 
+
+#### Βeta-barrel
+Tunna som är uppbygd av antiparallela β-sheets.
+![[Pasted image 20251118084654.png]]
+
+Den är mycket mer ovanlig. De kan fungera som transportprotein. 
+
+#### Partiellt associerade
+Finns inget bra namn
+![[Pasted image 20251118084729.png]]
+Innehåller en liten hydrofob sekvens, som sitter intrasslade i membramlagret, men går inte igen.
+För att få loss dessa måste man använda detergenter, därför handlar de hos de membrana proteinerna
+
+alfa + beta heter transmembrala, ofta är det enzymer som sitter på kanalens insida. Så det snabbt går att använda det som kommer in i cellen.
+
+Utan att saker och ting behvöer diffundera över cytoplasman
+
+Hydropati Plot
+Aminosyrosekvensen är känd och eftersom majoritetn av transmembrana proteiner är alfahelixar ska vi försöka hitta en sekvens på ungefär 20 hydrofoba aminosyror.
+Det är det som krävs för att bygga upp en alfahelix.
+
+Finns tabeller över aminorsyror och vad som krävs för att flytta de från en lipid till en vattenmiljö. 
+Finns en tabell i slides 12.2
+
+T.ex. krävs ganska mycket att flytta Phe, men Arg trivs ganska bra i vattenmiljö.
+
+Man tar alla aminosyror och summerar alla nummer ifrån energitabellen, 
+![[Pasted image 20251118085246.png]]
+Man tar ett fönster, ett visst 20 antal som man letar efter. 
+Går det över ett visst värde kan man få en 𝛼-helix, då är det sannolikt att det är ett transmembrant protein.
+![[Pasted image 20251118085412.png]]
+Glykoporin är välstuderat, en topp
+
+Man kan ha transmembrala proteiner med många 𝛼-helixar som har en topp per helix och med beta barrels har inga tydliga toppar
+
+Hos möss är 20% av proteinerna troliga membranproteiner. Då börjar man med DNA och kört igenom program som identiferar membraner
+
+Det kommer inte upp på tentan, men ni ska veta att det finns en metod för att sannolikgöra om det är ett transmembralprotein eller inte.
+
+#### Perifera membranproteiner
+
+1. GTPas, 15C kedja nåra cystein i C-terminall
+
+2. tyrosinkinas, sitter inte stabilt, 14C kedja N-terminal glycin
+
+3.  gpi-ankare nånting ganska viktigt, kommer stöta på många gånger, bygger på glycosylfosfatidylinositol-svans C-terminal kovalent bunden till oligsackarid (kolhydrat)
+![[Pasted image 20251118091516.png|300]]
+De kan frigöras väldigt snabbt
+Finns ett batteri som heter fosfolipaser och lossar proteinet. Proteiner som sitter på det här viset är proteiner som behöver mobiliseras fort, hinner inte gå igenom DNA och proteinsyntes, behöver de på sekunden. Kan ta några timmar att bygga proteiner.
+
+Acetylkolin, muskel någonting
+GPI-ankare sitter det på 
+
+4. Jonbindingar bunda till fosfolipider (elektrostatiska)
+
+5. Associerade till integrala proteiner, cellskellet
+
+Olika celler har olika kolhydrater på sin sida. 
+
+Ligandinteraktion med cellytans kolhydrater
+![[Pasted image 20251118092253.png|200]]
+- antikroppar
+- hormoner
+- enzymer
+- andra celler, cell-cell interaktion
+- virus/bakterier/toxiner
+	- exempel: Uropatogen/escherichia/E Coli
+	- urinvägsinfektionsframkallande bakterie
+	- den ingår i vår vanliga flora, i tarmen finns det inget den kan binda till
+	- P-fibria som binder specifikt till Galoaktos 𝛼-4-bindning, de finns inte i tarmen
+	- om man inte sköter hygienen och får över bakterier från tarmfloran till urinvägarna så kan den binda till sockret i värsta fall kan de gå upp till njurarna
+### Celladhesionsmolekyler
+
+Integrala membranproteiner som förankrar. celler i varandra eller ECM
+- selectins: kolhydrater
+- integriner: ECM
+- ig-superfamiljen (ICAM): sekvenser som påminner om immunglobilner
+- cadheriner: adherens junctions och desmosomer
+
+#### Selektiner
+viktiga proteiner i inflammatoriska reaktioner
+sitter på leukocyter och binder till kolhydratreceptorer på endotelceller
+hjälper till att bromsa upp, blir en cell-cell interaktion, leukocyter(neutrofiler) binder till endotelet.
+Sen när det bromsas upp binder det med integriner, så de vita cellerna kan ta sig ner under endotelet
+det som kallas diapedesen
+
+#### Integrin
+Viktig familj av proteiner som förankrar endoteler/epitelceller i ECM
+en 𝛼-subenhet och β-subenhet
+tvåvärda joner
+kan binda till olika xxxx
+binda så att cellerna sitter på sin plats
+finns många olika varianter
+
+### Cadheriner
+Adherence junctions och desmosomer
+cadheriner binder till cadheriner på intilliggande celler
+Förhindrar att saker läcker mellan celler
+
+
+
+
+

content/Biokemi/Makromolekyler/Cellmembran/Instuderingsfrågor.md

@@ -0,0 +1,20 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - cellmembran
+  - instuderingsuppgifter
+föreläsare: Susann Teneberg
+---
+
+#### Vilka lipider ingår i det eukaryota cellmembranet?
+
+#### Vilken roll har kolesterolet?
+#### Cellmembranet brukar sägas varra assymetriskt. Vad avses med detta?
+#### Vilka molekyler kan spontant diffundera över cellmembranet? Vilka kan inte göra det?
+#### Vilka typer av rörlighet finns i cellmembranet vid 37°?
+#### Hur är lipid rafts uppbyggda?
+#### Vilka typer av integrala membranproteiner finns?
+#### Vad är en hydropatiplot? Vad ger den information om?
+#### Hur är perifera membranet associerade till cellmembranet?
+#### Vilka olika typer av celladhesionsproteiner finns? Vad binder de till? Vilken är deras
+#### huvudsakliga funktion?

content/Biokemi/Makromolekyler/Cellmembran/Lärandemål.md

@@ -0,0 +1,18 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - cellmembran
+  - lärandemål
+föreläsare: Susann Teneberg
+---
+
+
+- Principiell uppbyggnad av biologiska membran: membranlipider och membranproteiners struktur och placering i membranet.
+- Barriärfunktionen.
+- Membrandomäner.
+- Glykokalyx struktur.
+- Glykokalyx roll för igenkänning - cell-cell + cell-mikrob.
+- Cell-cell-interaktioner.
+- Celladhesionsmolekyler.
+
+Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt.

content/Biokemi/Makromolekyler/Cellmembran/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,22 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - cellmembran
+  - provfrågor
+föreläsare: Susann Teneberg
+---
+
+```dataviewjs
+const paths = dv.pages("#provfråga and #cellmembran")
+   .sort(p => p.file.name)
+   .map(p => p.file.path)
+
+dv.span("Antal frågor: " + paths.length + " \n \n")
+
+for (const path of paths) {
+	dv.span(" \n[[" + path + "]]\n")
+	const content = await dv.io.load(path)
+	dv.span(content)
+	dv.span(" \n \n-----\n\n\n")
+}
+```

content/Biokemi/Makromolekyler/Cellmembran/Slides.md

@@ -0,0 +1,75 @@
+CELLMEMBRANETS ARKITEKTUR
+
+Cholesterol
+
+Fatty acid
+Fatty acid
+Glycerol
+Phosphate
+Alcohol
+
+Cerebroside
+(a glycolipid)
+Fatty acid unit
+Sugar unit
+glucose or galactose
+
+Bilayer
+
+Bilayer
+Omättade fettsyror
+
+Cholesterol
+
+Membrane Protein Lipid Carbohydrate
+Myelin      18%     79%    3%
+Erytrocyte  49%     43%    8%
+Liver       44%     52%    4%
+
+Lipid rafts
+
+Membranproteiner
+
+Typ 1: Alfahelix(ar)
+
+Typ 2: Beta-barrel
+
+Typ 3: ”Partiellt associerade”
+
+Table 12.2  Polarity scale for identifying transmembrane helices
+(Transfer free energy values omitted in OCR)
+
+Hydropathy index diagram (glycophorin)
+(Rendering omitted)
+
+PERIFERA MEMBRANPROTEINER
+Strategier för association med cell membranet
+
+1. Isoprenoid- (Farnesyl-) svans: 15C kedja associeras till cystein nära C-terminalen  
+   Ex GTPas, Ras
+
+2. Myristoylsvans: 14C kedja bunden till N-terminal glycin  
+   Ex tyrosinkinas Src
+
+3. GPI-ankare/glycosylfosfatidylinositol-svans: Proteinets C-terminal är kovalent bunden till oligosackariden  
+   Ex Acetylkolineras, T-cadherin, Thy-1  
+   OBS FOSFOLIPAS
+
+4. Elektrostatiska interaktioner med fosfolipider  
+   Cytoplasmatiska proteiner ex annexin
+
+5. Association med integrala proteiner  
+   Ex “cellskelett-proteiner”
+
+Cellytans kolhydrater
+
+Diagram av glycocalyx, med glykolipider, proteoglykaner etc.
+(Texten fragmenterad i OCR)
+
+Koleratoxin från Vibrio cholerae
+
+Selektiner
+
+Integriner
+
+Cadheriner

content/Biokemi/Makromolekyler/Cellmembran/Tentaplugg.md

@@ -0,0 +1,18 @@
+---
+tags:
+  - biokemi
+  - tentaplugg
+  - cellmembran
+---
+
+# Cellmembran – tentafrågeöversikt
+
+Tabellen nedan sammanfattar återkommande tentafrågor på cellmembranblocket och vad som har efterfrågats i respektive kategori.
+
+| Kategori                                        | Återkommande frågetyper                                                                                                                                                                                                                                   | Representativa tentor                                                                                                                                                                                         | Pluggtips                                                                                                                                                                                                                                                                               |
+| ----------------------------------------------- | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
+| Lipider, glykolipider & fluiditet (9 frågor)    | Amfipati, membranlipiders identitet (kolesterol, sfingomyelin, glykolipider), lipid rafts, fettsyrors påverkan på fluiditet, skillnader mellan glykolipider och glykoproteiner samt var lipiderna sitter i membranet.                                     | 2024-12-20/5 (fluiditet), 2024-08-01/5 (membranlipider), 2024-08-01/6 (glyko-jämförelse), 2024-01-27/6 & /16 (glykolipid, lipidtyper), 2025-02-01/6 (H. pylori) + 2023-05-15/7, 2022-12-19/16, 2022-05-16/32. | Öva på att rita glykolipider och kunna benämna huvuddelarna, förklara hur mättnadsgrad/kedjelängd/kolesterol påverkar fluiditeten, peka ut lipiders lokalisering (inre/yttre blad och lipid rafts) och beskriva hur glyko-delar används för igenkänning.                                |
+| Membranproteiner, ankare & adhesion (6 frågor)  | Tre typer av integrala proteiner, olika bindningssätt för perifera proteiner (elektrostatiskt, lipidankare, protein-protein), GPI-ankarens uppbyggnad/lokalisering, hydropatiplottens tolkning och celladhesionsmolekylernas funktion.                    | 2024-05-15/16 (integrala typer), 2025-02-01/17 (perifera bindsätt), 2023-12-18/16 (hydropati), 2022-01-29/32 & 2023-05-15/17 (GPI-ankare), 2024-08-01/15 (adhesion).                                          | Ha färdiga definitioner, kunna skissa ett GPI-ankare och koppla det till luminala proteiner, motivera hur en hydropatiplot avslöjar transmembrana helixar och exemplifiera CAM-familjer samt deras koppling till cytoskelettet.                                                         |
+| Transportmekanismer & permeabilitet (14 frågor) | Klassificera transportörer (uni-/sym-/antiport), ange deras placering och drivkrafter, skilja primär/sekundär aktiv transport, beskriva GLUT4-insulinresponsen, spänningsaktiverade jonkanaler och bedöma vilka molekyler som passerar membranet lättast. | 2021-12-16/32-33, 2022-01-29/33, 2022-05-16/33, 2022-12-19/17, 2023-05-15/16, 2023-12-18/17, 2024-01-27/17, 2024-05-15/17, 2024-08-01/16-17, 2024-12-20/15-16, 2025-02-01/16.                                 | Träna på att motivera vilken gradient (jon, laddning eller ATP) som driver en given transport, kunna koppla transportörer till rätt membran (plasma vs mitokondrie), rita översikter för SGLT/antiporter/kanaler och öva på att snabbt rangordna molekyler efter polaritet och storlek. |
+
+Transportmekanismer står för drygt hälften av frågorna i materialet ovan, så säkerställ att du kan koppla varje transportörstyp till dess drivkraft, riktning och anatomiska placering. Fyll gärna på dokumentet med kommande föreläsningar enligt samma format när du går vidare med övriga kursblock.