vault backup: 2025-12-09 15:12:34

content/Biokemi/Cellulära processer/Translation/Stoff.md

@@ -0,0 +1,74 @@
+```
+mRNA kodas i 5'-till-3'-riktning ett kodon i taget
+Proteinet är syntetiserat från amino- till karboxyl-riktning
+tRNA är en adaptormolekyl mellan kodonet och aminosyran
+antikodonet parar med kodonet och är komplementar, innehåller samma information bakvänt
+För att kunna syntetisera protein måste kodonet läsas av korrekt av antikodonen
+tRNA är en kedja som innehåller mellan 73 och 93 nukleotider
+tRNA innehåller 7 till 15 ovanliga baser, metylerade eller demetylerade derivat
+Sekundärstruktuern av tRNA ser ut som ett klöverlöv
+Fem grupper av bases i tRNA är inte basparade men deltar i vätebindingar
+tRNAs sätter fast aminosyror i 3 CCA-terminalaregionen som också heter acceptor stem
+tRNAs 3' ände har först en adenosine med en hydroxylgrupp som sitter fast med aminosyran
+tRNAs 3D-struktur ser ut som ett L
+tRNAs antikodonloop sitter i mitten av sekvensen
+Genetiska koden är relationen mellan basparen i DNA och sekvensen av aminosyror i proteiner
+Genetiska koden karakteriseras av: 3 nukleotider (kodon), går i en riktning, överlappar inte, ingen punktuation
+Den genetiska koden är degenererad: flera kodon kodar för samma aminosyra, vilket minskar effekten av vanliga mutationer
+Det finns 3 kodon sekvenser som terminerar translationen (UAA, UAG, UGA)
+61 kodon kodar för 20 aminosyror
+Vissa tRNA-molekyler kan känna igen fler än ett kodon, det heter Wobble-effekten 
+Den tredje nukleotiden i ett kodon kan ’svaja’ lite, den har större sterisk frihet och behöver inte alltid baspara strikt
+Svajhypotesen förutser vilket antikodon som kan binda till ett visst kodon
+Inosin bildas genom deaminering av adenosin och kan bilda vätebindningar med adenin, cytosin och uracil
+Aminoacyl-tRNA-syntetaser kopplar specifika aminosyror till tRNA
+När man kopplar en aminosyra till tRNA heter det aminoacylisering
+Aminosyror kopplar till 2' eller 3'-hydroxylgruppen på det terminala adenosin i tRNA
+Varje aminosyra har ett specifikt enzym (aminoacyl-tRNA-syntetas), som katalyserar kopplingen av just den aminosyran till rätt tRNA-molekyl.
+Aminoacyl-tRNA-syntetas har en redigeringsplats som korrekturläser och tar bort felaktigt bundna aminosyror
+Aminoacyl-tRNA-syntetas har en aktiveringsplats som aktiverar rätt aminosyra genom att binda den till ATP innan den förs över till tRNA.
+Aktiveringsplatsen försöker välja rätt aminosyra, och redigeringsplatsen fångar upp och tar bort de små fel som ändå passerar vilket ger mycket hög noggrannhet.
+{{c1::Aminoacyl-tRNA-syntetaser}} är de ”sanna läsarna” av den genetiska koden eftersom de kopplar {{c2::rätt aminosyra rätt tRNA}}, vilket gör att {{c3::kodonet får rätt aminosyra oavsett wobble-variationer}}.
+Syntetaser kan binda till flera olika igenkänningsställen på tRNA, till exempel acceptorstammen, antikodonloopen eller andra loopstrukturer.
+De använder olika delar av tRNA för att känna igen rätt tRNA — det är inte alltid samma ställe.
+Ribosomens stora subenhet heter 50S och består av 34 proteiner
+Ribosomens lilla subenhet heter 30S och består av 21 proteiner
+
+Ribosomen katalyseras inte av proteiner utan av {{c1::ribosomalt RNA (rRNA)}}.
+Peptidbindningen i ribosomen bildas i {{c1::peptidyltransferascentret}}, som består av {{c2::rRNA}}.
+Ribosomen är ett exempel på en {{c1::ribozym}}, eftersom {{c2::rRNA katalyserar peptidbindningen}}.
+Ribosomens proteiner fungerar främst som {{c1::strukturellt stöd}}, medan {{c2::rRNA står för katalysen}}.
+I ribosomen är det {{c1::23S rRNA (bakterier)}} / {{c2::28S rRNA (eukaryoter)}} som utför den katalytiska reaktionen.
+
+mRNA fragementet binder till den lilla subenheten i ribosomen
+tRNA rör både stora och lilla subenheten i ribosomen
+3 tRNA-bindande platser i ribosomen skapar peptidbindingen: Aminoacyl, Peptid och Exit
+
+Alla mRNA molekyler har en signal som definerar början och slutet på varje polypeptidkedja
+
+Initieringsregionen i bakteriellt mRNA innehåller vanligtvis ett startkodon och en purinrik sekvens.
+Shine–Dalgarno-sekvensen är en purinrik region som binder till rRNA och placerar startkodonet i P-siten
+Bakteriell proteinsyntes initieras av N-formylmethionyl-transfer RNA
+Bakteriell initierings-tRNA (tRNA^fMet) släpar med N-formylmethionine till ribosomen
+N-formylmethionyl-tRNA is placed in the P site of the ribosome
+Initiation factors (IF1, IF2, IF3) assist in the assembly of the protein-synthesizing machinery 
+IF1 and IF3 bind the 30S subunit to prevent premature binding to the 50S subunit
+IF2(GTP) initiator- fMet-tRNA fMet complex binds with mRNA and the 30S subunit to form the 30S initiation complex
+70S initiation complex formation is the rate-limiting step in protein biosynthesis
+Antibiotic Streptomycin Binds to 30S ribosomal subunit and interferes with the binding of fMet-tRNA fMet (Specific to bacteria) 
+Elongation factors deliver aminoacyl-tRNAs to the ribosome
+Antibiotic Tetracycline Binds to 30S ribosomal subunit and inhibits the binding of aminoacyl-tRNAs (bacteria) Elongation
+Elongation – peptidyl transferase catalyzes peptide-bond formation
+peptidyl transferase center = a site on the 50S subunit that catalyzes the thermodynamically spontaneous formation of the peptide bond
+image av tRNA + beskrivningar för anticodon, CCA, N-term, C-term
+Translocation repositions tRNAs and mRNA with respect to the ribosome
+elongation factor G (EF-G, translocase) - catalyzes the movement of mRNA by one codon (requires GTP)
+Termination is catalyzed by release factors that read stop codons
+Release factors (RFs) RF1 and RF2 are proteins recognize stop codons (UAA, UGA, or UAG) RF3 is a GTPase that catalyzes the removal of RF1 or RF2 from the ribosome
+
+```
+
+Stop 28:55 av https://www.youtube.com/watch?v=gjjp-NUaCXE
+
+![[Pasted image 20251127131807.png]]
+