jdahlin/medical-notes
1
0
Fork 0
Code Actions Activity

Add spoiler-block
All checks were successful
Deploy Quartz site to GitHub Pages / build (push) Successful in 1m7s
Details

Browse Source
This commit is contained in:
Johan Dahlin
2025-11-30 01:06:30 +01:00
parent ae183bc7d8
commit 6806d3634f
304 changed files with 1265 additions and 103 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/1.md
View File

@@ -8,10 +8,12 @@ tags:
**I celler är vatten lösningsmedel. Förklara ur bindningssynpunkt varför detta är fördelaktigt. (4p) (Max 100 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Vatten är en polär molekyl och har en dipol eftersom syret är mer elektronegativt än de två vätena.
Polariteten gör att vattenmolekyler kan interagera med både positivt laddade molekyler och negativa laddade molekyler som finns i celler.
Vid interaktioner med positivt laddade joner kommer den mer elektronegativa syret interagera med jonerna.
I interaktioner med negativt laddade joner kommer istället väterna interagera.
Vatten kan således bilda hydratiseringsskal runt joner som är essentiella för cellfunktion.
Vatten har hög dielektricitetskonstant som gör att alltför starka jonbindningar inte bildas till ämnen, så att joner kan fortfarande utnyttjas i cellulära processer vid behov.
Vatten har hög dielektricitetskonstant som gör att alltför starka jonbindningar inte bildas till ämnen, så att joner kan fortfarande utnyttjas i cellulära processer vid behov.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/10.md
View File

@@ -10,8 +10,10 @@ tags:
![[Pasted image 20251129235154.png]]
**Svar**
```spoiler-block
a) CMG-helikas
b) PCNA
c) Replication protein A
d) DNA-polymeras δ
d) DNA-polymeras δ
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/11.md
View File

@@ -10,6 +10,7 @@ b) Hur kan PCNA påverka aktiviteten hos DNA-polymeras epsilon?
(4p)
**Svar**
```spoiler-block
a) DNA-polymeras epsilon är involverad i DNA-replikation på leading strand.
Det katalyserar påkopplingen av kvävebaser från 5' till 3'-riktning.
@@ -17,3 +18,4 @@ Det har en 3' till 5' exonukleasaktivitet och kan ta bort om en felaktig bas har
b) PCNA (sliding clamp) ökar processiviteten hos DNA-polymeras genom att hålla det fastbundet till DNA-mallen.
På så sätt ramlar DNA-polymeraset inte av och kan arbeta med ökad processivitet.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/12.md
View File

@@ -8,8 +8,10 @@ tags:
**Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi? (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
En mutation, t.ex. en punktmutation, kan leda till att en ny splice site bildas i mitten av en intron.
När ett primärt mRNA senare ska genomgå splicing kan det nya splice-sitet leda till att en del av intronet blir kvar.
Intronet kan t.ex. leda till att andra kodon finns kvar eller att stoppkodon blir kvar som leder till att felaktig genprodukt bildas när mRNA senare translateras.
Detta kan i sin tur leda till proteiner som har defekter och inte kan utföra normal funktion.
Detta kan i sin tur leda till proteiner som har defekter och inte kan utföra normal funktion.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/14.md
View File

@@ -8,8 +8,10 @@ tags:
**Wobble-effekten är en viktig aspekt av genetisk kodavläsning under translationen. Förklara vad wobble-effekten är och hur den bidrar till flexibiliteten i parningen mellan kodoner på mRNA och antikodonerna på tRNA. Diskutera även hur denna effekt kan bidra till tolerans mot vissa genetiska mutationer. (4p) (Max 150 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
Wobble-effekten betyder att den första basen i ett antikodon kan binda till flera olika baser på den tredje basen av ett kodon.
En kvävebas på tRNA-antikodon som har en sådan förmåga att binda till flera olika baser på den tredje basen i kodonet är inosin, som kan binda till uracil, cytosin och adenin.
Att den första basen i antikodonet kan binda till flera baser leder till att ett tRNA kan binda till flera kodon på mRNA vilket ökar molekylens flexibilitet (en aminosyra kan kopplas till flera olika kodon).
Wobble-effekten kan bidra till tolerans mot vissa genetiska mutationer, eftersom även om en mutation finns som gör att en annorlunda kvävebas finns, kan tRNA trots detta binda till det och binda korrekt aminosyra.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/15.md
View File

@@ -8,8 +8,10 @@ tags:
**Lista fyra aspekter som är identiska för alla livsformer på jorden. (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
1. Alla livsformer lagrar sin arvsmassa/genetiska information i nukleinsyror i form av RNA eller DNA.
2. Den grundläggande metabolismen i alla livsformer är liknande.
3. Livsformer använder ATP som energivaluta i sina celler.
4. Alla livsformer använder cofaktorer i sina enzymer.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/16.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
**Vad är en hydropatiplot och vad ger den information om? (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
En hydropatiplot kan ge information om det är sannolikt att en viss sekvens är en transmembran alfahelix och hur många alfahelixar det kan motsvara.
En hydropatiplot kan skapas genom att undersöka en aminosyrasekvens från N- till C-terminal i intervaller om 20 (aminosyra 1–20, 2–21, 3–22 osv.).
@@ -16,4 +17,5 @@ Man tittar på den energimässiga kostnaden för att flytta respektive aminosyra
Värdena plottas i en graf där energinivån är på y-axeln och intervallerna är på x-axeln.
Man sätter gränsvärdet på 84 kJ/mol (kommer från transmembrana alfahelixar med känd struktur).
Om en graf går över gränsvärdet en gång är det sannolikt en transmembran alfahelix.
Om den går ovanför gränsvärdet flera gånger tyder det på flera transmembrana alfahelixar.
Om den går ovanför gränsvärdet flera gånger tyder det på flera transmembrana alfahelixar.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/18.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
**Redogör för begreppet entalpi samt för hur den kan användas för att förutse tendensen för att en viss biokemisk reaktion att ske. (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
Entalpi (H) betyder energiinnehållet i en reaktion.
Entalpi beror på bindningar som finns i de ämnen som är delaktiga i reaktionen och vilken art bindningarna har.
@@ -15,4 +16,5 @@ I en exoterm reaktion kommer energiinnehållet minska eftersom energi släpps ut
Om ΔH är negativ för en reaktion är den exoterm och kan därmed ses som fördelaktig.
När energi, t.ex. i form av värme, släpps ut till omgivningen kan det öka entropin i molekyler som finns runtom, vilket är fördelaktigt enligt termodynamikens andra lag.
(Om temperaturen och trycket är konstant kan H tillsammans med systemets parametrar användas för att beräkna den fria energin. ΔG = ΔH − TΔS. Om ΔG är negativ är reaktionen spontan och benägen att ske.)
(Om temperaturen och trycket är konstant kan H tillsammans med systemets parametrar användas för att beräkna den fria energin. ΔG = ΔH − TΔS. Om ΔG är negativ är reaktionen spontan och benägen att ske.)
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/20.md
View File

@@ -8,9 +8,11 @@ tags:
**Vad är syftet med den katalytiska klyftan som finns i ett enzym? Redogör för två fördelar den katalytiska klyftan ger för katalys. (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
I den katalytiska klyftan finns det aktiva centret där substrat kan binda in och reaktion kan ske.
Syftet och fördelen med en katalytisk klyfta är att det skapar en unik miljö från omgivningen.
Detta gör att vatten som skulle kunna störa en katalys kan uteslutas.
Den katalytiska klyftan möjliggör även att substrat kan väljas ut på ett specifikt sätt.
Ett exempel på detta är att det finns specifika aminosyror, till exempel serin, aspartat och histidin, i den katalytiska klyftan av chymotrypsin som gör att fenylalanin och metionin kan specifikt binda dit.
```

48
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/2023-12-18-0075-GXD.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@
**I celler är vatten lösningsmedel. Förklara ur bindningssynpunkt varför detta är fördelaktigt. (4p) (Max 100 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Vatten är en polär molekyl och har en dipol eftersom syret är mer elektronegativt än de två vätena.
Polariteten gör att vattenmolekyler kan interagera med både positivt laddade molekyler och negativa laddade molekyler som finns i celler.
@@ -16,6 +17,7 @@ I interaktioner med negativt laddade joner kommer istället väterna interagera.
Vatten kan således bilda hydratiseringsskal runt joner som är essentiella för cellfunktion.
Vatten har hög dielektricitetskonstant som gör att alltför starka jonbindningar inte bildas till ämnen, så att joner kan fortfarande utnyttjas i cellulära processer vid behov.
```
---
## 2. IP – Aminosyror och proteiner MCQ7
@@ -38,11 +40,13 @@ Vatten har hög dielektricitetskonstant som gör att alltför starka jonbindning
**Fruktos 2,6-bisfosfat fungerar som en allosterisk regulator för två enzymer. Förklara vilka egenskaper de aminosyror som binder till fruktos 2,6-bisfosfat behöver ha och nämn två aminosyror som har dessa egenskaper. (4p) (Max 75 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Fruktos 2,6-bisfosfat har två fosfatgrupper som kan ha negativt laddade syren.
För att binda in ämnet och skapa en elektrostatisk attraktion (jonbindning), kan det därmed vara fördelaktigt att ha aminosyror som har en positiv laddning.
Lysin och arginin är två positivt laddade aminosyror som kan vara lämpliga.
```
---
## 4. AN – Hemoglobin 1
@@ -51,6 +55,7 @@ Lysin och arginin är två positivt laddade aminosyror som kan vara lämpliga.
*OBS! This question needs to be answered in English. (Max 100 words)*
**Answer**
```spoiler-block
Cooperative binding means that the binding of an oxygen to hemoglobin makes it more likely for the molecule to bind more oxygen.
This is because when an oxygen binds to hemoglobin the structure becomes less tense as one αβ-dimer rotates 15 degrees, which increases its affinity for oxygen at other binding sites.
@@ -58,6 +63,7 @@ Release of an oxygen promotes also further release.
Due to the cooperativity hemoglobin has a sigmoidal binding curve at different partial pressures of oxygen.
Cooperativity enables hemoglobin to be a good oxygen transporter.
```
---
## 5. LJ – Proteinstudier 9
@@ -68,6 +74,7 @@ A) Beskriv vilken metod du skulle använda dig av och hur denna fungerar.
B) Ange en metod för att analysera storleken på ditt framrenade protein och ge en förklaring till hur denna fungerar.
**Svar**
```spoiler-block
A) Jonbyteskromatografi kan användas. Det är en metod där man kan rena ett protein baserat på dess laddning.
I denna metod finns det två olika typer av kolonner som kan användas: katjonbytare och anjonbytare.
@@ -81,6 +88,7 @@ De minsta proteinerna kommer att vandra snabbast och längst i gelen för att de
Man kan använda t.ex. ett fluorescerande ämne som gör att banden som bildas kan visualiseras under UV-strålning.
Sedan kan en storleksmarkör användas för att bestämma vilken storlek som de protein som man har undersökt har.
```
---
## 6. ME – Lipider 1
@@ -91,11 +99,13 @@ b) Visa hur kolesterol orienteras i ett membran.
*OBS! Den här frågan ska besvaras på separat papper som kommer att skannas in och bifogas tentamen. (4p)*
**Svar**
```spoiler-block
På papper.
*(Ritning av kolesterol och dess orientering i ett fosfolipiddubbellager finns på sida 11 i original-PDF.)*
```
---
## 7. CG – Nukleotider MCQ 2
@@ -116,10 +126,12 @@ På papper.
**Glykaner kan vara O-länkade och N-länkade. Förklara kortfattat vad detta innebär på molekylär nivå. (4p) (Max 150 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
O-länkade glykaner betyder att kolhydraten är länkad via syre i sidokedjan av serin eller threonin.
N-länkade betyder att kolhydraterna är länkade via kvävet i sidokedjan av asparagin.
```
---
## 9. CG – Kromatin MCQ2
@@ -140,12 +152,14 @@ N-länkade betyder att kolhydraterna är länkade via kvävet i sidokedjan av as
**På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel. Fyra olika replikationsfaktorer är markerade på denna bild. Vad heter de olika faktorerna vid pil a, b, c och d? (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
a) CMG-helikas
b) PCNA
c) Replication protein A
d) DNA-polymeras δ
```
---
## 11. CG – Replikation 9
@@ -155,6 +169,7 @@ b) Hur kan PCNA påverka aktiviteten hos DNA-polymeras epsilon?
(4p)
**Svar**
```spoiler-block
a) DNA-polymeras epsilon är involverad i DNA-replikation på leading strand.
Det katalyserar påkopplingen av kvävebaser från 5' till 3'-riktning.
@@ -163,6 +178,7 @@ Det har en 3' till 5' exonukleasaktivitet och kan ta bort om en felaktig bas har
b) PCNA (sliding clamp) ökar processiviteten hos DNA-polymeras genom att hålla det fastbundet till DNA-mallen.
På så sätt ramlar DNA-polymeraset inte av och kan arbeta med ökad processivitet.
```
---
## 12. CG – Transkription 9
@@ -170,12 +186,14 @@ På så sätt ramlar DNA-polymeraset inte av och kan arbeta med ökad processivi
**Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi? (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
En mutation, t.ex. en punktmutation, kan leda till att en ny splice site bildas i mitten av en intron.
När ett primärt mRNA senare ska genomgå splicing kan det nya splice-sitet leda till att en del av intronet blir kvar.
Intronet kan t.ex. leda till att andra kodon finns kvar eller att stoppkodon blir kvar som leder till att felaktig genprodukt bildas när mRNA senare translateras.
Detta kan i sin tur leda till proteiner som har defekter och inte kan utföra normal funktion.
```
---
## 13. CG – Prokaryot transkription MCQ 3
@@ -196,12 +214,14 @@ Detta kan i sin tur leda till proteiner som har defekter och inte kan utföra no
**Wobble-effekten är en viktig aspekt av genetisk kodavläsning under translationen. Förklara vad wobble-effekten är och hur den bidrar till flexibiliteten i parningen mellan kodoner på mRNA och antikodonerna på tRNA. Diskutera även hur denna effekt kan bidra till tolerans mot vissa genetiska mutationer. (4p) (Max 150 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
Wobble-effekten betyder att den första basen i ett antikodon kan binda till flera olika baser på den tredje basen av ett kodon.
En kvävebas på tRNA-antikodon som har en sådan förmåga att binda till flera olika baser på den tredje basen i kodonet är inosin, som kan binda till uracil, cytosin och adenin.
Att den första basen i antikodonet kan binda till flera baser leder till att ett tRNA kan binda till flera kodon på mRNA vilket ökar molekylens flexibilitet (en aminosyra kan kopplas till flera olika kodon).
Wobble-effekten kan bidra till tolerans mot vissa genetiska mutationer, eftersom även om en mutation finns som gör att en annorlunda kvävebas finns, kan tRNA trots detta binda till det och binda korrekt aminosyra.
```
---
## 15. MO Evolution 5
@@ -209,12 +229,14 @@ Wobble-effekten kan bidra till tolerans mot vissa genetiska mutationer, eftersom
**Lista fyra aspekter som är identiska för alla livsformer på jorden. (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
1. Alla livsformer lagrar sin arvsmassa/genetiska information i nukleinsyror i form av RNA eller DNA.
2. Den grundläggande metabolismen i alla livsformer är liknande.
3. Livsformer använder ATP som energivaluta i sina celler.
4. Alla livsformer använder cofaktorer i sina enzymer.
```
---
## 16. ST – Membran 10
@@ -222,6 +244,7 @@ Wobble-effekten kan bidra till tolerans mot vissa genetiska mutationer, eftersom
**Vad är en hydropatiplot och vad ger den information om? (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
En hydropatiplot kan ge information om det är sannolikt att en viss sekvens är en transmembran alfahelix och hur många alfahelixar det kan motsvara.
En hydropatiplot kan skapas genom att undersöka en aminosyrasekvens från N- till C-terminal i intervaller om 20 (aminosyra 1–20, 2–21, 3–22 osv.).
@@ -232,6 +255,7 @@ Man sätter gränsvärdet på 84 kJ/mol (kommer från transmembrana alfahelixar
Om en graf går över gränsvärdet en gång är det sannolikt en transmembran alfahelix.
Om den går ovanför gränsvärdet flera gånger tyder det på flera transmembrana alfahelixar.
```
---
## 17. IP – Membrantransport MCQ3
@@ -252,6 +276,7 @@ Om den går ovanför gränsvärdet flera gånger tyder det på flera transmembra
**Redogör för begreppet entalpi samt för hur den kan användas för att förutse tendensen för att en viss biokemisk reaktion att ske. (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
Entalpi (H) betyder energiinnehållet i en reaktion.
Entalpi beror på bindningar som finns i de ämnen som är delaktiga i reaktionen och vilken art bindningarna har.
@@ -261,6 +286,7 @@ När energi, t.ex. i form av värme, släpps ut till omgivningen kan det öka en
(Om temperaturen och trycket är konstant kan H tillsammans med systemets parametrar användas för att beräkna den fria energin. ΔG = ΔH − TΔS. Om ΔG är negativ är reaktionen spontan och benägen att ske.)
```
---
## 19. MO Enzymer MCQ7
@@ -281,6 +307,7 @@ När energi, t.ex. i form av värme, släpps ut till omgivningen kan det öka en
**Vad är syftet med den katalytiska klyftan som finns i ett enzym? Redogör för två fördelar den katalytiska klyftan ger för katalys. (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
I den katalytiska klyftan finns det aktiva centret där substrat kan binda in och reaktion kan ske.
Syftet och fördelen med en katalytisk klyfta är att det skapar en unik miljö från omgivningen.
@@ -288,6 +315,7 @@ Detta gör att vatten som skulle kunna störa en katalys kan uteslutas.
Den katalytiska klyftan möjliggör även att substrat kan väljas ut på ett specifikt sätt.
Ett exempel på detta är att det finns specifika aminosyror, till exempel serin, aspartat och histidin, i den katalytiska klyftan av chymotrypsin som gör att fenylalanin och metionin kan specifikt binda dit.
```
---
## 21. IP – Introduktion till metabolismen MCQ1
@@ -312,6 +340,7 @@ B) Förklara hur glykolysen trots detta ger ett nettoutbyte av två ATP.
(4p) (Max 50 ord)
**Svar**
```spoiler-block
A) ATP-förbrukande reaktioner: hexokinas samt fosfofruktokinas.
ATP-bildande reaktioner: fosfoglyceratkinas samt pyruvatkinas.
@@ -320,6 +349,7 @@ B) De reaktioner där 2 ATP förbrukas sker en gång under en cykel av glykolys.
De reaktioner där 2 ATP bildas sker två gånger.
Så 2 ATP investeras och 4 ATP bildas, dvs blir nettoutbytet 2 ATP.
```
---
## 23. IP – Glukosmetabolism 6
@@ -331,6 +361,7 @@ B) Vad reglerar hur mycket fruktos 2,6-bisfosfat som bildas?
(4p) (Max 75 ord.)
**Svar**
```spoiler-block
A) Fosfofruktokinas i glykolys aktiveras.
Fruktos-1,6-bisfosfatas i glukoneogenes inhiberas.
@@ -339,6 +370,7 @@ B) Fruktos 2,6-bisfosfat (F-2,6-BP) bildas av fosfofruktokinas 2 som ingår i et
Om insulin finns stimulerar det fosfoproteinfosfatas som defosforylerar och aktiverar fosfofruktokinas 2 vilket leder till ökad F-2,6-BP-produktion.
Däremot, om glukagon finns, ger det upphov till cAMP-bildning som aktiverar proteinkinas A som fosforylerar fosfofruktokinas 2, som därmed inhiberar produktionen av fruktos-2,6-bisfosfat.
```
---
## 24. ML – Glykogen MCQ6
@@ -413,6 +445,7 @@ Matcha ihop värdena (1–4):
**Redogör för hur ATP-syntaset fungerar. (4p) (Max 150 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
ATP-syntaset utnyttjar protongradienten som bildades i elektrontransportkedjan.
Dess F₀-del finns i mitokondriens inre membran och har en a-subenhet som innehåller två hydrofila halvkanaler: mot mellanmembranutrymmet (MMU) respektive matrix.
@@ -427,6 +460,7 @@ Betasubenheterna bildar ATP och antar tre konformationer: Loose (där ADP + Pi b
Den roterande γ-stjälken kan leda till konformationsändringarna i betasubenheterna.
3 ATP bildas per varv.
```
---
## 30. IP – ETK 8
@@ -434,6 +468,7 @@ Den roterande γ-stjälken kan leda till konformationsändringarna i betasubenhe
**Beskriv med en reaktionsformel hur celler hanterar att syrgas ibland enbart tar upp en elektron. (2p) (Max 25 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
Superoxid + 2 H⁺ → H₂O₂ mha dismutas.
(superoxid = O₂·⁻)
@@ -441,6 +476,7 @@ Superoxid + 2 H⁺ → H₂O₂ mha dismutas.
(Väteperoxiden tas hand om av glutationperoxidas
(2 H₂O₂ → O₂ + 2 H₂O, där 2 glutation oxideras))
```
---
## 31. ML – Aminosyrametabolism 6
@@ -448,11 +484,13 @@ Superoxid + 2 H⁺ → H₂O₂ mha dismutas.
**Ange det fullständiga namnet på ett kliniskt viktigt enzym som tillhör gruppen aminotransferaser, samt ange reaktionen enzymet katalyserar. (4p) (Max 50 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
Alanin aminotransferas (höga nivåer av detta tyder på leversjukdom).
Den katalyserar följande reaktion:
Alanin + α-ketoglutarat ⇌ Pyruvat + Glutamat.
```
---
## 32. ML – Nukleotidnedbrytning 5
@@ -460,10 +498,12 @@ Alanin + α-ketoglutarat ⇌ Pyruvat + Glutamat.
**Nämn det fullständiga namnet på en purin-nukleotid och ange i vilken molekyl kolskelettet respektive huvuddelen av molekylens kväveatomer slutligen hamnar då nukleotiden bryts ned. (2p) (Max 50 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
Adenosinmonofosfat (AMP).
Kolskelettet samt huvuddelen av kvävet hamnar i urat.
```
---
## 33. ML – Pentosfosfatvägen 5
@@ -471,12 +511,14 @@ Kolskelettet samt huvuddelen av kvävet hamnar i urat.
**En fullt funktionell pentosfosfatväg är viktig för röda blodkroppars skydd mot väteperoxid. Varför? (2p) (Max 50 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
När glutationperoxidas tar hand om väteperoxid oxideras glutation.
För att skyddet ska fortsätta finnas mot väteperoxid måste den reducerade formen av glutation återbildas med reduktionsmedlet NADPH.
I röda blodkroppar saknas mitokondrier och NADPH kan endast bildas genom pentosfosfatvägen.
Därför är en funktionell pentosfosfatväg viktig.
```
---
## 34. JS – Kolesterol 5
@@ -484,6 +526,7 @@ Därför är en funktionell pentosfosfatväg viktig.
**3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA reduktas (HMG-CoA-reduktas) har en nyckelroll i reglering av cellernas kolesterolsyntes. Beskriv hur detta enzym regleras på transkriptionell nivå; den viktigaste reglermekanismen. (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
Transkriptionen regleras av Sterol Regulator Element Binding Protein (SREBP) som har en transkriptionsfaktordel mot cytosolen.
Vid låg kolesterol flyttas SREBP från det endoplasmatiska retiklet till golgiapparaten.
@@ -498,6 +541,7 @@ Men om kolesterol finns och det binder till SREBP–Scap-komplexet kommer en kon
Detta förhindrar interaktion med COPII.
SREBP går inte med i vesiklar till golgi, vilket betyder att transkription av HMGR inte ökar när mycket kolesterol finns.
```
---
## 35. Introduktionslaboration MCQ6
@@ -520,6 +564,7 @@ Välj ett eller flera alternativ:
*You amplified a gene of interest using the blue/white screening method. You extracted plasmids from two bacterial colonies (one blue colony and one white colony), then performed restriction enzyme digestion and ran the samples on a gel as follows: blue uncut, blue cut, white uncut, white cut (see gel below). When imaging the gel, however, you notice there is a faint band in the blue cut sample (see arrow), which should not be there. Explain why the faint band should not be present in that sample and what are the possible sources of error for this outcome? Refer to the size/number of bands in comparison to the bands in the other lanes for your explanation. This questions needs to be answered in English. (4p)*
**Answer**
```spoiler-block
The blue samples are samples with no DNA-insert.
They have an intact lacZ-gene and are able to produce β-galactosidase which breaks down X-gal to a blue pigment.
@@ -529,4 +574,5 @@ The reason that the blue cut shows two bands can be because a mixed colony was c
This could likely be the case because the second band has a 1500 bp size which the second band of the "white cut" also has.
Another possible reason for this odd result is contamination.
The "blue cut" sample could possibly have been contaminated with white cut samples when pipetting or by improper labelling of tubes.
This could be the case as the samples in both lanes show similar sizes (even the larger band is approximately the same size in both, 3000 bp).
This could be the case as the samples in both lanes show similar sizes (even the larger band is approximately the same size in both, 3000 bp).
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/22.md
View File

@@ -12,10 +12,12 @@ B) Förklara hur glykolysen trots detta ger ett nettoutbyte av två ATP.
(4p) (Max 50 ord)
**Svar**
```spoiler-block
A) ATP-förbrukande reaktioner: hexokinas samt fosfofruktokinas.
ATP-bildande reaktioner: fosfoglyceratkinas samt pyruvatkinas.
B) De reaktioner där 2 ATP förbrukas sker en gång under en cykel av glykolys.
De reaktioner där 2 ATP bildas sker två gånger.
Så 2 ATP investeras och 4 ATP bildas, dvs blir nettoutbytet 2 ATP.
Så 2 ATP investeras och 4 ATP bildas, dvs blir nettoutbytet 2 ATP.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/23.md
View File

@@ -12,10 +12,12 @@ B) Vad reglerar hur mycket fruktos 2,6-bisfosfat som bildas?
(4p) (Max 75 ord.)
**Svar**
```spoiler-block
A) Fosfofruktokinas i glykolys aktiveras.
Fruktos-1,6-bisfosfatas i glukoneogenes inhiberas.
B) Fruktos 2,6-bisfosfat (F-2,6-BP) bildas av fosfofruktokinas 2 som ingår i ett bifunktionellt enzym med fruktos-2,6-bisfosfatas.
Om insulin finns stimulerar det fosfoproteinfosfatas som defosforylerar och aktiverar fosfofruktokinas 2 vilket leder till ökad F-2,6-BP-produktion.
Däremot, om glukagon finns, ger det upphov till cAMP-bildning som aktiverar proteinkinas A som fosforylerar fosfofruktokinas 2, som därmed inhiberar produktionen av fruktos-2,6-bisfosfat.
Däremot, om glukagon finns, ger det upphov till cAMP-bildning som aktiverar proteinkinas A som fosforylerar fosfofruktokinas 2, som därmed inhiberar produktionen av fruktos-2,6-bisfosfat.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/29.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
**Redogör för hur ATP-syntaset fungerar. (4p) (Max 150 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
ATP-syntaset utnyttjar protongradienten som bildades i elektrontransportkedjan.
Dess F₀-del finns i mitokondriens inre membran och har en a-subenhet som innehåller två hydrofila halvkanaler: mot mellanmembranutrymmet (MMU) respektive matrix.
@@ -21,3 +22,4 @@ F₁ har 3 alfa- och 3 betasubenheter i en ring.
Betasubenheterna bildar ATP och antar tre konformationer: Loose (där ADP + Pi binder), Tight (där ATP bildas) och Open (där ATP frisläpps och en ny ADP + Pi kan binda in).
Den roterande γ-stjälken kan leda till konformationsändringarna i betasubenheterna.
3 ATP bildas per varv.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/3.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
**Fruktos 2,6-bisfosfat fungerar som en allosterisk regulator för två enzymer. Förklara vilka egenskaper de aminosyror som binder till fruktos 2,6-bisfosfat behöver ha och nämn två aminosyror som har dessa egenskaper. (4p) (Max 75 ord.)**
**Svar**
```spoiler-block
Fruktos 2,6-bisfosfat har två fosfatgrupper som kan ha negativt laddade syren.
För att binda in ämnet och skapa en elektrostatisk attraktion (jonbindning), kan det därmed vara fördelaktigt att ha aminosyror som har en positiv laddning.
Lysin och arginin är två positivt laddade aminosyror som kan vara lämpliga.
Lysin och arginin är två positivt laddade aminosyror som kan vara lämpliga.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/30.md
View File

@@ -8,9 +8,11 @@ tags:
**Beskriv med en reaktionsformel hur celler hanterar att syrgas ibland enbart tar upp en elektron. (2p) (Max 25 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
Superoxid + 2 H⁺ → H₂O₂ mha dismutas.
(superoxid = O₂·⁻)
(Väteperoxiden tas hand om av glutationperoxidas
(2 H₂O₂ → O₂ + 2 H₂O, där 2 glutation oxideras))
(2 H₂O₂ → O₂ + 2 H₂O, där 2 glutation oxideras))
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/31.md
View File

@@ -8,7 +8,9 @@ tags:
**Ange det fullständiga namnet på ett kliniskt viktigt enzym som tillhör gruppen aminotransferaser, samt ange reaktionen enzymet katalyserar. (4p) (Max 50 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
Alanin aminotransferas (höga nivåer av detta tyder på leversjukdom).
Den katalyserar följande reaktion:
Alanin + α-ketoglutarat ⇌ Pyruvat + Glutamat.
Alanin + α-ketoglutarat ⇌ Pyruvat + Glutamat.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/32.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
**Nämn det fullständiga namnet på en purin-nukleotid och ange i vilken molekyl kolskelettet respektive huvuddelen av molekylens kväveatomer slutligen hamnar då nukleotiden bryts ned. (2p) (Max 50 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
Adenosinmonofosfat (AMP).
Kolskelettet samt huvuddelen av kvävet hamnar i urat.
Kolskelettet samt huvuddelen av kvävet hamnar i urat.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/33.md
View File

@@ -8,8 +8,10 @@ tags:
**En fullt funktionell pentosfosfatväg är viktig för röda blodkroppars skydd mot väteperoxid. Varför? (2p) (Max 50 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
När glutationperoxidas tar hand om väteperoxid oxideras glutation.
För att skyddet ska fortsätta finnas mot väteperoxid måste den reducerade formen av glutation återbildas med reduktionsmedlet NADPH.
I röda blodkroppar saknas mitokondrier och NADPH kan endast bildas genom pentosfosfatvägen.
Därför är en funktionell pentosfosfatväg viktig.
Därför är en funktionell pentosfosfatväg viktig.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/34.md
View File

@@ -8,6 +8,7 @@ tags:
**3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA reduktas (HMG-CoA-reduktas) har en nyckelroll i reglering av cellernas kolesterolsyntes. Beskriv hur detta enzym regleras på transkriptionell nivå; den viktigaste reglermekanismen. (4p)**
**Svar**
```spoiler-block
Transkriptionen regleras av Sterol Regulator Element Binding Protein (SREBP) som har en transkriptionsfaktordel mot cytosolen.
Vid låg kolesterol flyttas SREBP från det endoplasmatiska retiklet till golgiapparaten.
@@ -21,3 +22,4 @@ Insig bryts därmed ned i proteasomen och SREBP–Scap-komplexet kan interagera
Men om kolesterol finns och det binder till SREBP–Scap-komplexet kommer en konformationsändring ske som gör att Insig kan binda in.
Detta förhindrar interaktion med COPII.
SREBP går inte med i vesiklar till golgi, vilket betyder att transkription av HMGR inte ökar när mycket kolesterol finns.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/36.md
View File

@@ -10,6 +10,7 @@ tags:
![[Pasted image 20251129235214.png]]
**Answer**
```spoiler-block
The blue samples are samples with no DNA-insert.
They have an intact lacZ-gene and are able to produce β-galactosidase which breaks down X-gal to a blue pigment.
@@ -19,4 +20,5 @@ The reason that the blue cut shows two bands can be because a mixed colony was c
This could likely be the case because the second band has a 1500 bp size which the second band of the "white cut" also has.
Another possible reason for this odd result is contamination.
The "blue cut" sample could possibly have been contaminated with white cut samples when pipetting or by improper labelling of tubes.
This could be the case as the samples in both lanes show similar sizes (even the larger band is approximately the same size in both, 3000 bp).
This could be the case as the samples in both lanes show similar sizes (even the larger band is approximately the same size in both, 3000 bp).
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/4.md
View File

@@ -9,9 +9,11 @@ tags:
*OBS! This question needs to be answered in English. (Max 100 words)*
**Answer**
```spoiler-block
Cooperative binding means that the binding of an oxygen to hemoglobin makes it more likely for the molecule to bind more oxygen.
This is because when an oxygen binds to hemoglobin the structure becomes less tense as one αβ-dimer rotates 15 degrees, which increases its affinity for oxygen at other binding sites.
Release of an oxygen promotes also further release.
Due to the cooperativity hemoglobin has a sigmoidal binding curve at different partial pressures of oxygen.
Cooperativity enables hemoglobin to be a good oxygen transporter.
Cooperativity enables hemoglobin to be a good oxygen transporter.
```

2
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/5.md
View File

@@ -11,6 +11,7 @@ A) Beskriv vilken metod du skulle använda dig av och hur denna fungerar.
B) Ange en metod för att analysera storleken på ditt framrenade protein och ge en förklaring till hur denna fungerar.
**Svar**
```spoiler-block
A) Jonbyteskromatografi kan användas. Det är en metod där man kan rena ett protein baserat på dess laddning.
I denna metod finns det två olika typer av kolonner som kan användas: katjonbytare och anjonbytare.
@@ -23,3 +24,4 @@ Gelelektrofores går ut på att protein får migrera i en gel som befinner sig i
De minsta proteinerna kommer att vandra snabbast och längst i gelen för att de har minst volym.
Man kan använda t.ex. ett fluorescerande ämne som gör att banden som bildas kan visualiseras under UV-strålning.
Sedan kan en storleksmarkör användas för att bestämma vilken storlek som de protein som man har undersökt har.
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/6.md
View File

@@ -11,7 +11,9 @@ b) Visa hur kolesterol orienteras i ett membran.
*OBS! Den här frågan ska besvaras på separat papper som kommer att skannas in och bifogas tentamen. (4p)*
**Svar**
```spoiler-block
![[Pasted image 20251129235131.png]]
*(Ritning av kolesterol och dess orientering i ett fosfolipiddubbellager finns på sida 11 i original-PDF.)*
*(Ritning av kolesterol och dess orientering i ett fosfolipiddubbellager finns på sida 11 i original-PDF.)*
```

4
content/Biokemi/Gamla tentor/2023-12-18/8.md
View File

@@ -8,6 +8,8 @@ tags:
**Glykaner kan vara O-länkade och N-länkade. Förklara kortfattat vad detta innebär på molekylär nivå. (4p) (Max 150 ord)**
**Svar**
```spoiler-block
O-länkade glykaner betyder att kolhydraten är länkad via syre i sidokedjan av serin eller threonin.
N-länkade betyder att kolhydraterna är länkade via kvävet i sidokedjan av asparagin.
N-länkade betyder att kolhydraterna är länkade via kvävet i sidokedjan av asparagin.
```