From 3bc777e6dce254eed672244560548d1bfd9cb9b4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Johan Dahlin Date: Fri, 21 Nov 2025 23:18:38 +0100 Subject: [PATCH] Delete some crap, try embedding pdf --- content/Biokemi/! Målbeskrivning.md | 198 ------------------ .../Hydrofob effekt.md | 0 .../Jonbindningar.md | 0 .../Kovalenta bindningar.md | 26 --- .../Poläritet.md | 0 .../Syra-bas reaktioner.md | 0 .../Vätebindningar.md | 1 - .../index.md | 11 - .../van der Waals krafter.md | 0 content/Biokemi/Lipider/index.md | 10 - .../Termodynamik/Instuderingsfrågor.md | 2 +- content/Biokemi/index.md | 1 - 12 files changed, 1 insertion(+), 248 deletions(-) delete mode 100644 content/Biokemi/! Målbeskrivning.md delete mode 100644 content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Hydrofob effekt.md delete mode 100644 content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Jonbindningar.md delete mode 100644 content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Kovalenta bindningar.md delete mode 100644 content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Poläritet.md delete mode 100644 content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Syra-bas reaktioner.md delete mode 100644 content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Vätebindningar.md delete mode 100644 content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index.md delete mode 100644 content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/van der Waals krafter.md delete mode 100644 content/Biokemi/Lipider/index.md delete mode 100644 content/Biokemi/index.md diff --git a/content/Biokemi/! Målbeskrivning.md b/content/Biokemi/! Målbeskrivning.md deleted file mode 100644 index 8b08ab4..0000000 --- a/content/Biokemi/! Målbeskrivning.md +++ /dev/null @@ -1,198 +0,0 @@ - -[[Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index]] -### Lipider -• Energi-lager: fria fettsyror och triacylglycerol.  -• Membranlipider; amfipatibegreppet.  -• Kolesterol (struktur ska kunnas).  -• Fosfolipider (principiell struktur ska kunnas).  -• Glykolipider (principiell struktur ska kunnas).  -• Bildning av miceller och membran.  -• Transportformer: översikt om lipoproteiners struktur och funktion. -*Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner.*  -### Från aminosyror till proteiner -• Primära aminosyror: uppbyggnad och joniseringstillstånd.  -• Stereoisomerer.  -• De 20 aminosyrornas kemiska egenskaper och principiella struktur.  -• Kovalent modifiering av aminosyror.  -• Peptidbindningen; prolin och cystein – speciella egenskaper.  -• Primär-, sekundär-, tertiär- och kvartärstruktur.  -• a-helixar och b-flak: uppbyggnad och stabilisering.  -• Principer för proteinveckning; stabilisering av 3D-struktur.  -• Disulfidbindningar; protein-disulfidisomeras.  -• Chaperoner och chaperoniner.  -• Prioner.  -*Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera.*  -*Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning.*  -### Kolhydrater. Struktur -• Kolhydraters struktur: aldos/ketos, isomeri, ringbildning, glykosidisk bindning.  -• Monosackarider: glukos (struktur ska kunnas), galaktos, N-acetylglukosamin, N-acetylgalatosamin, fukos, sialinsyra.  -• Disackarider: laktos, galaktosemi, laktosintolerans.  -• Glykokonjugat: glykoproteiner (N-/O-länkade), glykolipider, proteoglykaner (principiell struktur ska kunnas), mucopolysackaridos.  -• Diversitet - AB0-systemet.  -*Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller.*  -### Att utforska proteiner -• Proteom-begreppet.  -• Proteiners kemiska/fysikaliska egenskaper som grund för rening.  -• Gelfiltrering, jonbytes- och affinitetskromatografi.  -• Elektrofores: SDS-PAGE, isoelektrisk fokusering.  -• Immunologiska tekniker och ”blottning”; antikropp/antigen.  -• Mono- vs polyklonala antikroppar.  -• ELISA-princip och kliniska exempel.  -• Struktur-bestämning: röntgenkristallografi, NMR, cryo-EM.  - -### Hemoglobin -• Receptor-ligand-interaktion.  -• Myoglobin och hemoglobin: struktur (porfyrinring, Fe).  -• Kooperativitet; syrebindningsförmåga.  -• Alloster reglering: CO₂, H⁺, BPG – molekylär bakgrund.  -• Mättnadskurvor; syretransport till vävnad.  -• HbF vs HbA – konsekvenser.  -• Sickle-cell-anemi: molekylär bakgrund.  -### Nukleotider -• Centrala dogmen: replikation, transkription, translation, genetisk kod, läsram.  -• Enzymer: DNA-pol, RNA-pol, ribosom.  -• Nukleotider/nukleosider: principiell struktur.  -• Komplementär basparning; stabilitet hos dsDNA/RNA.  -• Ribonukleotidreduktas.  - -### Biokemi ur ett evolutionsperspektiv - • Evolution: grundkoncept, livets evolution, RNA-värld, endosymbios; tillämpningar.  - • DNA-replikation: grundläggande processer; replikationsgaffel/repliosom.  - • Enzymaktiviteter: endo-/exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA-ligas.  - • Processivitet och proofreading.  - • DNA-topologi: superhelicitet, topoisomeraser.  - • Transkription: RNA-pol I/II/III; capping, polyadenylering, splicing; snRNA.  - • Prokaryot transkription: särdrag; koppling transkription-translation; operon; bakteriofag; plasmid.  - • Kromatin: DNA-organisation; nukleosom; kromatin-nybildning.  - • Replikationsstart i eukaryoter: ARS/ori; ORC, CDC6, MCM; cellcykelkoppling; telomerer.  - • Translation: tRNA-struktur/funktion; aminoacylering; ribosom; initiering/elongering/translokation/terminering; reglering.  - • Termodynamikens 3 lagar; H, S, G, ΔG, E0′; exergon/endregon; aktiveringsenergi; standardtillstånd; kopplade reaktioner.  - • Enzymer I: aktiveringsenergi, övergångstillstånd, katalys.  - • Enzymer II: aktiva säten; hastighetskonstanter; steady-state; Michaelis-Menten (KM, Vmax, kcat); inhibitorer (kompetitiv/okompetitiv/non-kompetitiv); kofaktorer; vitaminer; kopplade reaktioner; exempel: proteaser (chymotrypsin, katalytisk triad), Ser/Thr- och Tyr-kinaser, fosfataser, syntaser, oxidoreduktaser.  - • Introduktion till metabolism: energiomvandling; anabolism/katabolism; katabolismens stadier; metaboliter/vägar; ATP, NAD(P)H, FADH₂; fosforyltransferpotential; energikvot; oxidation/reduktion; hydrolys/kondensation; B-vitaminer.  - • Glykolys: reaktioner/metaboliter; enzymer; substratnivåfosforylering; reglering (alloster, feedforward, feedback); anaerob/aerob; GLUT; Warburg-effekten.  - • Glykogen: struktur (α-1,4/α-1,6); funktion i lever/muskel; glykogenolys; glykogenes; alloster/hormonell reglering.  - • Glukoneogenes: reaktioner/enzymer/reglering; PFK-2/FBP-2; substrat; laktatdehydrogenas; Cori-cykeln; laktatets öden.  - • Citronsyracykeln: PDH-komplex; prostetisk grupp; CoA/acetyl-CoA; reaktioner/enzymer; dekarboxylering; dehydrogenering; reglering; hypoxi, HIF-1.  - • Betaoxidation och TAG-syntes: fettsyrefrisättning; mitokondrietransport; betaoxidation; ketonkroppar; fettsyra/TAG-syntes.  - • Elektrontransportkedja/oxidativ fosforylering: mitokondriens suborganeller; redoxpotential; elektronbärare; NADH→O₂; respiration; protonpumpning; elektrokemisk gradient; ATP-syntas; frikopplare; membrantransport; inhibitorer; NADH-shuntar; ATP-utbyte.  - • Aminosyrametabolism: proteinogena/icke-proteinogena aminosyror; användning; upptag; essentiella/icke-essentiella; glukogena/ketogena; biosyntes; aminotransferaser; PKU; glutamat/glutamatdehydrogenas; ureacykel; extrahepatiska vävnader; kvävetransport; påfyllnadsreaktioner.  - • Nukleotidnedbrytning: puriner/pyrimidiner; pentoser; skillnader i slutprodukter; pentosfosfat till glykolysintermediär/acetyl-CoA; gikt; två behandlingsstrategier.  - • Pentosfosfatvägen: NADPH och ribos-5-fosfat – uppgifter; oxidativ/icke-oxidativ fas; koppling till glykolys/glukoneogenes; behovsstyrd slussning; G6PD-brist; oxidativ stress → hemolys.  - • Kolesterolsyntes: källor; position i metabolism; ATP-citratelyas; HMG-CoA-reduktas (fyra regleringsmekanismer); tre huvudmekanismer för intracellulär kolesterolkontroll; funktion; utsöndring; enterohepatiska kretsloppet.  - • Heme: syntes; nedbrytning; porfyrier (översikt).  - • Cellmembran: membranlipider/proteiner; barriärfunktion; membrandomäner; glykokalyx (struktur/igenkänning); cell-cell-interaktioner; adhesionsmolekyler.  - • Transport över membran: diffusion; faciliterad diffusion; bärarproteiner; aquaporiner; jonkanaler/aktivering; osmos; kanalfogar; aktiv transport (primär/sekundär; P-typ; Na⁺/K⁺-ATPase; ABC-transportörer; MDR-proteiner); uniport/antiport/symport.  - -Mål - • Beskriva hur olika bindningar bidrar till strukturen hos makromolekyler.  - • Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner.  - • Redogöra för aminosyrornas egenskaper och hur de kan interagera.  - • Redogöra för de olika nivåerna av proteinveckning.  - • Beskriva kolhydraters struktur och biologiska roller.  - • Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion.  - • Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper.  - • Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes.  - • Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen.  - • Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt).  - • Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler.  - • Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler.  - • Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.  - • Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA.  - • Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing).  - • De typer av DNA som finns i prokaryoter.  - • Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter.  - • Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad.  - • Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler.  - • Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein.  - • Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter.  - • Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll.  - • Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner.  - • Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion.  - • Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet.  - • Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta.  - • Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering.  - • Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys.  - • Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad.  - • Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned.  - • Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering.  - • Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering.  - • Redogöra för laktats roll i metabolismen.  - • Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering.  - • Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering.  - • Redogöra för omsättningen av triacylglycerol.  - • Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning.  - • Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering.  - • Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till.  - • Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror.  - • Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α-aminogrupp och kolskelett kommer.  - • Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT.  - • Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU.  - • Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering.  - • Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism.  - • Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning.  - • Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett).  - • Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion.  - • Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till.  - • Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes.  - • Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress.  - • Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering.  - • Redogöra för omsättningen av heme.  - • Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt.  - • Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran.  - - - - - - -- Beskriva metoder för undersökning av proteiners struktur och funktion.  -- Beskriva hur proteiners funktion beror på proteinstruktur, bindningspartner och enskilda aminosyrors egenskaper.  -- Beskriva byggstenarna för DNA och RNA, deras syntes och konsekvenser av störd nukleotidsyntes.  -- Kunna översiktligt beskriva stegen i den centrala dogmen.  -- Primär- och sekundärstruktur för DNA och RNA (kunna översiktligt).  -- Övergripande förståelse för utvecklingen av biologiska vägar och biomolekyler.  -- Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler.  -- Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.  -- Beskriva hur information i cellens DNA översätts till RNA.  -- Modifieringar av eukaryot mRNA (capping, poly(A), splicing).  -- De typer av DNA som finns i prokaryoter.  -- Överföring av genetisk information från DNA till RNA i prokaryoter.  -- Beskriva den eukaryota kromosomens uppbyggnad.  -- Beskriva hur replikation startar i eukaryota celler.  -- Beskriva överföringen av genetisk information från mRNA till protein.  -- Förstå sambandet mellan fri energi, entalpi, entropi och jämviktskonstanter.  -- Förstå kopplingen mellan biokemiska reaktioner och biomolekyler med högt energi-innehåll.  -- Redogöra för enzymkinetik och reglering av enzymkatalyserade reaktioner.  -- Beskriva enzymers och koenzymers struktur och funktion.  -- Beskriva mekanismer för reglering av proteiners aktivitet.  -- Redogöra för vad som karaktäriserar anabolism och katabolism, energirika molekyler och cellens energivaluta.  -- Redogöra för glykolysens reaktioner, enzymer och reglering.  -- Förstå skillnaden mellan anaerob och aerob glykolys.  -- Redogöra för glykogens funktion och strukturella uppbyggnad.  -- Beskriva hur glykogen syntetiseras och bryts ned.  -- Beskriva hur glykogenmetabolismen styrs via allostera mekanismer och hormonsignalering.  -- Redogöra för glukoneogenesens reaktioner, enzymer och reglering.  -- Redogöra för laktats roll i metabolismen.  -- Redogöra för länken mellan glykolys och citronsyracykeln och dess reglering.  -- Redogöra för citronsyracykelns reaktioner, enzymer och reglering.  -- Redogöra för omsättningen av triacylglycerol. -- Redogöra för elektrontransporten och dess koppling till protonpumpning.  -- Redogöra för ATP-syntes via oxidativ fosforylering.  -- Beskriva hur celler får tillgång till aminosyror och vad dessa kan användas till.  -- Förstå skillnaden på essentiella och icke-essentiella aminosyror.  -- Översiktligt redogöra för varifrån aminosyrors α-aminogrupp och kolskelett kommer.  -- Beskriva reaktionerna katalyserade av ALAT och ASAT.  -- Beskriva den bakomliggande orsaken till PKU.  -- Översiktligt beskriva ureacykeln, dess funktion och huvudsakliga reglering.  -- Redogöra för extrahepatiska vävnaders samspel med levern i aminosyrakatabolism.  -- Översiktligt beskriva purinnukleotiders nedbrytning.  -- Redogöra för hur nedbrytning av puriner och pyrimidiner skiljer sig m.a.p. slutprodukter (kväven/kolskelett).  -- Redogöra för pentosfosfatvägens huvudsakliga funktion.  -- Ge exempel på vad NADPH och ribos-5-fosfat används till.  -- Översiktligt beskriva pentosfosfatvägens två faser och interaktion med glykolys/glukoneogenes.  -- Översiktligt beskriva varför G6PD-brist särskilt påverkar erytrocyter och kan ge hemolys vid oxidativ stress.  -- Redogöra för kolesterolets omsättning samt huvudprinciper för kolesterolsyntes och reglering.  -- Redogöra för omsättningen av heme.  -- Beskriva hur det eukaryota cellmembranet är uppbyggt.  -- Beskriva mekanismer för transport över cellens plasmamembran. \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Hydrofob effekt.md b/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Hydrofob effekt.md deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Jonbindningar.md b/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Jonbindningar.md deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Kovalenta bindningar.md b/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Kovalenta bindningar.md deleted file mode 100644 index da7c6de..0000000 --- a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Kovalenta bindningar.md +++ /dev/null @@ -1,26 +0,0 @@ -en eller flera valenselektroner delas av molekyler - -typer: -* enkel -* dubbel 1.7x starkare -* trippel - ovanlig i kroppen - -enkel kan roteras, dubbel är rak - -elektroner kan delas av mer än 2 molekyler, kallas då resonansstabilisering - -### Enkelbinding - -Kan roteras - -Exempel: HCl -$$\ce{H. + .Cl: -> H:Cl}$$ -## Dubbelbinding - -Rak - -Exempel: $O -$$\ce{:O: + :O: -> O=O}$$ -## Resonans - -![[Pasted image 20251027205207.png]] \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Poläritet.md b/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Poläritet.md deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Syra-bas reaktioner.md b/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Syra-bas reaktioner.md deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Vätebindningar.md b/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Vätebindningar.md deleted file mode 100644 index 8b13789..0000000 --- a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/Vätebindningar.md +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ - diff --git a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index.md b/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index.md deleted file mode 100644 index 9f35530..0000000 --- a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/index.md +++ /dev/null @@ -1,11 +0,0 @@ -### Kemisk binding och biologiska makromolekyler -• [[Kovalenta bindningar]]. -• [[Jonbindningar]].  -• [[Vätebindningar]].  -• [[van der Waals krafter]].  -• [[Hydrofob effekt]].  -• [[Poläritet]].  -• [[Syra-bas reaktioner]].  -• Klasser av biomolekyler: [[nukleinsyror]], [[proteiner]], [[kolhydrater]], [[lipider]]. - -*Beskriva hur olika bindningar bidrar till strukturen hos makromolekyler.*  \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/van der Waals krafter.md b/content/Biokemi/Kemisk binding och biologiska makromolekyler/van der Waals krafter.md deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/content/Biokemi/Lipider/index.md b/content/Biokemi/Lipider/index.md deleted file mode 100644 index 704d060..0000000 --- a/content/Biokemi/Lipider/index.md +++ /dev/null @@ -1,10 +0,0 @@ - -• Energi-lager: fria fettsyror och triacylglycerol.  -• Membranlipider; amfipatibegreppet.  -• Kolesterol (struktur ska kunnas).  -• Fosfolipider (principiell struktur ska kunnas).  -• Glykolipider (principiell struktur ska kunnas).  -• Bildning av miceller och membran.  -• Transportformer: översikt om lipoproteiners struktur och funktion. - -*Beskriva lipiders struktur och biologiska funktioner.*  \ No newline at end of file diff --git a/content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Instuderingsfrågor.md b/content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Instuderingsfrågor.md index a584175..95cb8f2 100644 --- a/content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Instuderingsfrågor.md +++ b/content/Biokemi/Metabolism/Termodynamik/Instuderingsfrågor.md @@ -1,4 +1,4 @@ - +![[Instuderingsfrågor termodynamik-4.pdf]] ## Gabriel Berätta kort om termodynamik och förklara vad isolerat, stängt och öppet system är. Vad kallas reaktioner som har negativ, positiv och noll på nettoenergiöverföringen? Berätta kort om dem! diff --git a/content/Biokemi/index.md b/content/Biokemi/index.md deleted file mode 100644 index 2452a32..0000000 --- a/content/Biokemi/index.md +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -Biokemi