vault backup: 2025-12-23 23:37:38

content/.obsidian/workspace.json

@@ -13,13 +13,13 @@
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "z-Tech/Mega Mega.md",
+                "file": "Slides.pdf.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false,
                 "backlinks": false
               },
               "icon": "lucide-file",
-              "title": "Mega Mega"
+              "title": "Slides.pdf"
             }
           }
         ]
@@ -193,8 +193,9 @@
   },
   "active": "b6de1b6650c09ff3",
   "lastOpenFiles": [
-    "Anatomi & Histologi 2/Gamla tentor/2024-01-10/!2024-01-10-0088-KOM.pdf",
     "z-Tech/Mega Mega.md",
+    "Slides.pdf.md",
+    "Anatomi & Histologi 2/Gamla tentor/2024-01-10/!2024-01-10-0088-KOM.pdf",
     "Anatomi & Histologi 2/Statistik.md",
     "z-Tech/Lecture tracking.md",
     "z-Tech/Quiz-app.md",

content/Slides.pdf.md

@@ -0,0 +1,796 @@
+## Kontroll av genuttryck i prokaryoter
+
+Claes Gustafsson
+
+(P)PPO
+
+OH
+
+OH
+
+Deoxiribonukleotider (dNTP) bildas från ribonukleotider (NTP). Detta sker genom att NTP reducerars, d.v.s. förlorar sin OH-grupp i 2' -position.
+
+Denna reaktion katalyseras av enyzmet ribonukleotidreduktas (RNR) -finns både hos prokaryoter och eukaryoter.
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000000_b30bd0920858a762cb30b8e70cb82805e506d4959de0e7e0468f0cea0d9da1b3.png)
+
+Base
+
+(P)PPO
+
+-0
+
+Base
+
+## Ribonukleotidreduktas (RNR)
+
+promoter operator
+
+E
+
+D
+
+C
+
+B
+
+A
+
+## VAD ÄR EN GEN?
+
+-
+
+mRNA molecule
+
+En nukleotidsekvens i DNA, som krävs för syntesen av ett fungerande protein eller en RNA-molekyl (inkl. tRNA, rRNA etc.)
+
+I genen ingår även de reglersekvenser som bestämmer när och hur mycket av genen som skall tillverkas.
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000001_a2d7b5b9662f3f8aa96f809c83997cdaccc1119da812ddbea5d5307df70130d8.png)
+
+E. coli chromosome
+
+gene A
+
+• RNA
+
+TRANSLATION
+
+A
+
+A A
+
+A A
+
+AAAAA
+
+AAAAA
+
+AAAAA
+
+A A A AA
+
+protein
+
+Figure 7-2 Essential Cell Biology, 4th ed. (© Garland Science 2014)
+
+IDNA
+
+## Olika gener uttrycks olika mycket
+
+RNA
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000002_a74e6df02139c1fcd011d8371c1bba073cfbd3b83e01c892bc7489664cddc2d2.png)
+
+gene B
+
+SONA
+
+9000
+
+Do0e
+
+RNA polymerase holoenzyme
+
+## Transkriptionsinitiering
+
+Promoter
+
+Gene
+
+000008
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000003_5cc28e7b752fc28e5ebd173cfef76f9c035667e040b1e926d6a3fc03700d5921.png)
+
+coding strand template strand
+
+Figure 7-6 Essential Cell Biology, 4th ed. (© Garland Science 2014)
+
+DNA
+
+3'
+
+## Kodande sträng och mall-sträng
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000004_b0e341703024f9d49d7e3eae1500e259995e21e12ef39b70e64ae7269842cd8f.png)
+
+5'
+
+3'
+
+DNA of E. coli chromosome gene b
+
+gene c gene f
+
+gene g
+
+3'
+
+5'
+
+## Båda strängarna i DNA kan används som mall-sträng för RNA syntes. Figure 6-13 Molecular Biology of the Cell 6e (© Garland Science 2015)
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000005_90e3d16bd37fbda0728f73efc1d5d020b0117d31f6debb006ed1f25b19eec17f.png)
+
+gene a
+
+RNA transcripts gene d
+
+gene e
+
+(A)
+
+G
+
+G
+
+as a template
+
+DNA double helix
+
+## Vilken sträng i DNA som skrivs av till RNA bestäms av den riktning som RNA-polymeraset rör sig
+
+strand as a template
+
+(B)
+
+5
+
+3
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000006_71168860f792f6a62b4adf398c04ac6ba60ce416da400afadd3100c0a5795d54.png)
+
+RNA syntetiseras alltid i 5' till 3' riktning.
+
+Om man inte vet riktningen som RNApolymeraset rör sig så kan man inte veta vilken sträng som är mall-sträng
+
+5'
+
+3'
+
+3'
+
+5'
+
+start site
+
+gene
+
+/
+
+3] DNA
+
+## Promotorn bestämmer i vilken riktning RNApolymeraset skall transkribera! terminator template strand 3' 5' POLYMERASE CLAMPS DOWN ON DNA; RNA SYNTHESIS CONTINUES
+
+En transkriptionsenhet är den sekvens i DNA som transkriberas till RNA.
+
+gene
+
+Startar vid promotorn och slutar vid terminatorn.
+
+SIGMA
+
+FACTOR
+
+REBINDS
+
+Figure 7-9 Essential Cell Biology, 4th ed. (© Garland Science 2014)
+
+3'
+
+stop site
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000007_c9af676532b2c787f2b2ccad86ce63cb4b690c00ba1749c296a5acb85f5c08f2.png)
+
+promoter operator
+
+Figure 7-12 Molecular Biology of the Cell 6e (® Garland Science 2015)
+
+E
+
+D
+
+C
+
+B
+
+A
+
+## Hos bakterier kan en transkriptionsenhet bestå av flera gener Man brukar kalla en sådan enhet för ett ' operon '
+
+• A
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000008_0752c5f712c79208293a38b5169695aaf5b95a6ba67e76b80dc95993fefc6763.png)
+
+Det bildas ett långt mRNA som kodar för flera olika proteiner.
+
+Gener ger upphov till proteiner involverade i samma metabola ' pathway ' återfinns i samma operon!
+
+lac l
+
+PO
+
+lac Z
+
+lac Y
+
+lac A
+
+I ett bakteriellt mRNA från ett operon finns många startplatser för translation! Vid AUG som skall användas för initiering finns speciella sekvenser i mRNA -s.k. Shine-Dalgarno sekvenser, som hjälper ribosomen att hitta rätt.
+
+5'
+
+SD AUG
+
+Eukaryotic mRNA
+
+5' cap initiation can only occur
+
+at first AUG codon downstream of the 5' cap
+
+AUG
+
+SD AUG
+
+SD AUG
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000009_d992f23a8005554681c3c8d2eea9c95b6cabb680239ea9082b36dbbdd92d6b0c.png)
+
+## Hur hittar bakteriellt RNApolymeraset till promotorn?
+
+Subunit
+
+Gene rpoA
+
+гров
+
+грос
+
+rpoz
+
+070
+
+rpoD
+
+and Company
+
+W
+
+## E. coli RNA polymeras
+
+Number
+
+2
+
+1
+
+1
+
+1
+
+1
+
+Mass (kDa)
+
+37
+
+151
+
+155
+
+10
+
+70
+
+| Berg et al., Biochemistry, 9e, © 2019 W. H. Freeman   | Berg et al., Biochemistry, 9e, © 2019 W. H. Freeman   | Berg et al., Biochemistry, 9e, © 2019 W. H. Freeman   |
+|-------------------------------------------------------|-------------------------------------------------------|-------------------------------------------------------|
+
+© 2019 Oxford University Press
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000010_49390bea39075e3117eb5f4bd77d4c43811badf03a8ac16acac1b03c8fc2e05a.png)
+
+-  (beta) är den katalytiska subenheten dvs. den som syntetiserar RNA i 5' till 3' riktning
+-  (sigma) styr enzymet till promotorn (känner igen en särskild DNA-sekvens!)
+
+THE CELL: A MOLECULAR APPROACH 8e, Figure 8.1
+
+## Sigma subenheten hjälper RNA-polymeraset att hitta till promotorn och påverkar enzymets allmänna egenskaper
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000011_f92784af3cc557e419249f483e3f246a2fb2d6e7632b50a7e65151de6d289374.png)
+
+## Holoenzymet (innehåller sigma)
+
+Kan hitta och specifikt binda till en promotor .
+
+Binder svagt till icke-specifikt DNA -kräver promotorsekvens för att ' fastna '.
+
+Hittar promotorn 10,000 gånger snabbare än kärnenzymet.
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+## Kärnenzymet (saknar sigma)
+
+Innehåller alla de subenheter av RNApolymeras om behövs för syntes av RNA.
+
+Binder starkt till icke-specifikt DNA.
+
+Har mycket svårt att hitta promotorer.
+
+'
+
++
+
+
+
+ana
+
+00
+
+00
+
+THE CELL: A MOLECULAR APPROACH 7e, Figure 8.3 (Part 1)
+
+© 2016 Sinauer Associates, Inc.
+
+Polymerase bound
+
+## Bakteriellt RNA-polymeras glider längs DNA och letar efter en promotor. xanaxmana 000
+
+Specific binding of a to
+
+-35 and -10 promoter sequences
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000012_db47f9248d4da35d1f340f7dc20784d41af4ced4752a069a71705345865096ef.png)
+
+-35
+
+-10 +1
+
+3'
+
+start site
+
+promoter
+
+→
+
+Efter initiering släpper sigma-faktorn och RNApolymeraset fortsätter på egen hand.
+
+POLYMERASE CLAMPS DOWN ON DNA;
+
+RNA SYNTHESIS CONTINUES
+
+TERMINATION AND RELEASE OF
+
+BOTH POLYMERASE AND
+
+COMPLETED RNA TRANSCRIPT
+
+gene
+
+5'
+
+Figure 7-9 Essential Cell Biology, 4th ed. (© Garland Science 2014)
+
+growing RNA transcript gene
+
+/
+
+SIGMA
+
+FACTOR
+
+REBINDS
+
+stop site
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000013_7cee7549648dc4d99dc4b384b13101bd0e30fd62d593fff77c980b7c4354ea0e.png)
+
+Sigma factor
+
+054
+
+038
+
+032
+
+,28
+
+024
+
+Gene rpoD
+
+rpoN
+
+Function
+
+## Det finns sju olika sigma-subenheter som reglerar olika typer av gener
+
+Gör det möjligt för bakterien att reglera uttryck av gener -kan välja att slå på eller av olika kombinationer av gener, beroende på situationen.
+
+Det finns särskilda sigma faktorer för snabb tillväxt, för att skydda mot värmeshock, för att stimulera rörelse etc.
+
+extreme heat stress (1)
+
+dicitrate transport (26)
+
+| regulation of the fec genes for iron   |
+|----------------------------------------|
+
+fecl
+
+DNA
+
+Activator binding site
+
+Repressor binding site
+
+[Promoter Operator
+
+## Aktivatorer och repressorer
+
+Figure 28-6
+
+Lehninger Principles of Biochemistry, Sixth Edition
+
+Nära promotorn finns bindningsplatser för proteiner som kan stimulera (aktivatorer) och stänga av (repressorer) transkription av alla dessa gener.
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000014_d7248e1bf50227de1dda78719c76bf558b48d75dbd916d21478d4b42cef2f81a.png)
+
+B
+
+C
+
+11.
+
+RNA polymerase
+
+## I ett typiskt operon återfinns en 'operator'.
+
+P
+
+Gene 1
+
+Gene 2
+
+Gene 3
+
+## Detta är en DNA-sekvens till vilken en repressor kan binda för att blockera initiering av transkription.
+
+(ONA where repressor binds)
+
+$ n mRNA made
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000015_3ec00b68cb2712de86d6f8f1f6475786e8a5dbb4e896438064d873e7c364c247.png)
+
+mRNA
+
+## Tryptofan-operonet
+
+- kodar för genprodukter som behövs för att bilda tryptofan
+
+Trp operon
+
+## Tryptofan-operonet kodar för genprodukter (enzymer) som behövs för att bilda aminosyran tryptofan DNA
+
+trpE
+
+trpD
+
+trpC
+
+trpB
+
+trpA
+
+~
+
+(where repressor binds)
+
+Operator
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000016_4dda8d57fa29505669e5387f143219edae1e86417b00059c9e9a05b244a477b9.png)
+
+LOW TRYPTOPHAN:
+
+## Finns det lite tryptofan i omgivningen så behöver operonet uttryckas.
+
+Trp repressorn kan inte binda till operatorn och blockera transkription
+
+P
+
+TrpE
+
+trpD
+
+I trpC || trpB |trpA
+
+DNA
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000017_5899e4374a5a306163857aa34a5526262b1c27c3d8ddbdadbd7b0f6466fb9a0e.png)
+
+HIGH TRYPTOPHAN:
+
+## Finns det mycket tryptofan i omgivningen så behöver inte dessa enzymer uttryckas.
+
+Trp repressorn binder till operator-sekensen och blockerar transkription
+
+* >
+
+trpD
+
+P
+
+trpE
+
+trpc trpB|/trpA
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000018_80690b550e4c953c169e6ba80e55c799f388963623597302f9c997ed7f4005b8.png)
+
+DNA
+
+## Tillgången på tryptofan reglerar tryptofanrepressorns aktivitet! tryptophan
+
+GENES ARE ON
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000019_a976f14a12cc74448b0b2f1597d8d494c4484629b8b704ecaa67af475e72ff20.png)
+
+När E coli har god tillgång på tryptofan i mediet, binder det till repressorn och orsakar en konformationsförändring så att repressorn kan binda till operatorn.
+
+Tryptofan fungerar som behövs för att repressorn skall vara aktiv!
+
+## Lac-operonet - kodar för genprodukter som
+
+## behövs för att bryta ner laktos
+
+## Glukos är förstahandsvalet som energikälla i bakterier.
+
+När det finns mycket glukos i cellerna är alternativa sockerkällor avstängda så att cellen huvudsakligen förbränner glukos.
+
+När det finns lite glukos i cellen kan arabinos, laktos eller andra sockermolekyler användas som energikällor.
+
+Förklarar varför Lac-operonet i normalfallet är avstängt! Vill endast slås på när glukos saknas! Och endast i de fall det finns laktos att tillgå!
+
+The lac operon:
+
+## Vid reglering av Lac-operonet samverkar en aktivator och en repressor lacz lacY lacA
+
+polymerase binding I+
+
+CAP är en blocks RNA
+
+polymerase
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000020_327fff4d24e366ff5b1e9fb4894a759df5f1a502a401ccbb4803e693fbf884a3.png)
+
+Två krav för transkription av Lac-operonet!
+
+1. Ingen repressor bunden till operatorn!
+2. Ett aktivatorprotein (CAP) som stimulerar initiering av transkription!
+
+bound activator protein
+
+binding site
+
+RNA polymerase
+
+## Aktivatorer stimulerar transkription
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000021_0abf2b2e926fe1d3041dd0b6ac38194a1783e1ffd6628fe7ed183e378414f8c8.png)
+
+Underlättar inbindning av RNA-polymeras.
+
+Kan öka transkriptionsnivån mer än 1000 gånger.
+
+Vissa aktivatorer behöver en mindre molekyl, en så kallad co-aktivator som binder till aktivatorn för att den skall vara aktiv.
+
+e
+
+an
+
+No lactose:
+
+## I närvaro av laktos så bildas allolaktos. Binder till repressorn och får den att släppa operatorn.
+
+CAP site
+
+Operator lacz lacy lacA
+
+- Repressor
+
+RNA Polymerase se
+
+Observera skillnaden till trpoperonet!
+
+lacZ lacy lacA
+
+Lac-repressorn släpper operatorn när laktos finns närvarande i mediet. På det viset blockerar den inte längre transkription. Repressor
+
+(vid trp-operonet fick tryptofan repressorn att binda!).
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000022_5edad668068164709c43d9f17a1bdc6ffdf2006478bc9a1ebc7ed7faeb378815.png)
+
+O
+
+Low glucose:
+
+N
+
+N°
+
+cAMP
+
+## Hur regleras aktiviteten hos aktivatorn, d.v.s. proteinet CAP? Promoter N
+
+CAP
+
+I frånvaro av glukos så bildas molekylen cAMP.
+
+lacz high transcription
+
+Binder till CAP, vilket får proteinet att fungera som en aktivator.
+
+CAP
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000023_f93a3d7f996a4529ebf924b7750028ae3cf8a211dbd70c4a10b43ad576d2798e.png)
+
+Operator lacz
+
+low transcription
+
+Cykliskt adenosinmonofosfat 'cAMP' signalmolekyl med många funktioner!
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000024_f8f991450d300c91006e8eec2bfca7f38f6b0b07f0dc7cf522b1ce0bd2f252ac.png)
+
+NH2
+
+Aktivatorer och repressorer samverkar för att få reglerat genuttryck!
+
+Hur kan aktivatorn (CAP) samverka med repressorn för att få reglerat genuttryck från lac-operonet?
+
+Glucose present, lactose absent:
+
+## I närvaro av glukos används inte lac-operonet. Även om laktos finns i omgivningen!
+
+CAP site
+
+Operator lacz
+
+RNA Polymerase Repressor
+
+Glucose present, lactose present:
+
+CAP
+
+Glukos är alltid bakteriens förstahandsval!!
+
+CAP site
+
+Operator
+
+RNA Polymerase
+
+Repressor
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000025_5231dddd6715307ceccf5a73744151fca866b45b030cb53ef59a617e8e2b02d2.png)
+
+Glucose absent, lactose absent:
+
+## I frånvaro av glukos slås lac-operonet på! Men bara om det finns laktos i omgivningen!
+
+CAP site
+
+Operator lacz
+
+## RNA Polymerase Repressor
+
+Glucose absent, lactose present:
+
+cAMP
+
+CAP
+
+CAP site lacY
+
+lacA
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000026_aea130fb1ad0b474445b846083952b73747bef47fcb059d32e5b0c2241d3a06d.png)
+
+RNA Polymerase
+
+## Antibiotika
+
+- För biologer är det ämnen som producerats av levande organismer i syfte att hålla andra organismer borta.
+- Inom medicinen kan dessa medel användas för att. behandla infektioner, men också vid cancersjukdom.
+
+## Principer för antibiotikas effekt -två exempel 1. Blockera initiering av transkription
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000027_ba344d2f8965e0d1f6baea2410a016fa9e56e75e43d02987e33a436af1fb01b7.png)
+
+Rifampicin binder till beta-subenheten i det bakteriella RNA polymeraset och blockerar elongering.
+
+Används t.ex. vid behandling av tuberkulos
+
+(A)
+
+(B)
+
+N-MeGly
+
+D-Val
+
+D-Val
+
+## Principer för antibiotikas effekt -två exempel 2. Interkalation Thr
+
+Actinomycin lägger sig mellan basparen i DNA.
+
+Berg et al., Biochemistry, 9e, © 2019 W. H. Freeman and Company
+
+'interkalation'
+
+Stör t.ex. Transkription och DNA replikation
+
+Används vid cancerbehandling t.ex. ovarialcancer
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000028_af8ad33cadf49f1f06829dbb67f1b168fbe0eb79b89bcdf8306f64379efc1991.png)
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000029_f4b9d648ea11bec2bb24f272b49d9efd14e127fe1f39575bdae3fe8bb8687bb3.png)
+
+Pro
+
+Pro
+
+## Det finns speciella virus som bara infekterar bakterier -Bakteriofager
+
+Icosahedral phage
+
+(corticovirus)
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000030_f8d84a4092af0077f2194f695a28ab0813e97621534ec7908aa4a4795bb9012b.png)
+
+## Bakteriofager infekterar bakterien och utnyttjar cellen för att skapa många nya kopior -bakterien dödas i en s.k. lytisk cykel
+
+E. coli cell
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000031_bfe7701afe5067c3916462b50c796b6db90a8f628da8accc741552d51800e610.png)
+
+ox xxx
+
+MRNA COVID VACCINES
+
+## Bakteriofag T7 RNA-polymeras används i ren form för att producera mRNA-vacciner mot t.ex. COVID. COVID
+
+spike protein
+
+Human cell
+
+![Image](Slides.pdf_artifacts/image_000032_3f4bc6d016ffa3fd72c83f1009e97c5a54fa92afd50e9dc88d0fe8cb03d3a0e7.png)