vault backup: 2025-12-14 22:41:11

content/Biokemi/Cellulära processer/Utforska proteiner/Instuderingsfrågor.md

@@ -5,47 +5,213 @@ tags:
   - instuderingsuppgifter
 föreläsare: Ingela Parmryd
 ---
+### Vad är definitionen av ”genom”?
+```spoiler-block:
+Allt genetiskt material (DNA) i en organism eller cell.
+```
 
-Vad är definitionen av ”genom”?  
-1. Vad menas med ”proteom”?  
-2. Vad menas med ett homogenisat?  
-3. Beskriv några egenskaper hos proteiner som kan användas för rening  
-4. I vilken storleksordning kommer proteinerna ut vid gelfiltrering?  
-5. Vilken laddning har de protein som binder en katjonbytare?  
-6. Vilken laddning har de protein som INTE binder till en katjonbytare?  
-7. Vilken laddning har de protein som binder en anjonbytare?  
-8. Vilken laddning har de protein som INTE binder till en anjonbytare?  
-9. Hur kan man eluera ut protein från en katjonbytare?  
-10. Vad menas med affinitetskromatografi?  
-11. Hur kan man eluera ett protein med 6xHistag från en Nickel(II)-kolonn?  
-12. Vad kallas det automatiserade system som kan användas för proteinrening?  
-13. Vilken parameter brukar man följa?  
-14. Vilken typ av medium (gel) används för en SDS-PAGE?  
-15. Vad är SDS?  
-16. Vilken laddning har SDS?  
-17. Vilka molekyler hamnar längst upp respektive längst ner på en SDS-PAGE gel?  
-18. Hur kan man visualisera en SDS-PAGE efter körning?  
-19. Varför menas med proteinreferens för SDS-PAGE?  
-20. Vad är isoelektrisk fokusering?  
-21. Vad är två-dimensionell gelelektrofores?  
-22. Hur kan en SDS-PAGE användas för att följa proteinrening?  
-23. Vad är en antikropp?  
-24. Vad är ett antigen?  
-25. Vad är en epitop?  
-26. Vad kännetecknar en monoklonal antikropp?  
-27. Vad kännetecknar polyklonala antikroppar?  
-28. Hur tillverkas monoklonala antikroppar?  
-29. Beskriv ELISA  
-30. Beskriv Indirekt ELISA  
-31. Beskriv Sandwich ELISA  
-32. Vilken av de två ELISA-metoderna är mer specifik?  
-33. Nämn kliniska applikationer för de båda ELISA-metoderna.  
-34. Vad är Western blot?  
-35. Vad är skillnaden på SDS-PAGE och Western blot?  
-36. Vilka substanser kan masspektrometri detektera?  
-37. Nämn några användningsområden för masspektrometri.  
-38. Varför behöver vi kristaller för röntgenkristallografi?  
-39. Varför är det viktigt med hög upplösning?  
-40. Nämn den vanligaste atomen som används för Nuclear Magnetic Resonance (NMR).  
-41. Vad är den främsta fördelen med att använda kryo-elektronmikroskopi istället för  
-röntgenkristallografi?
+### 1. Vad menas med ”proteom”?
+```spoiler-block:
+Samtliga proteiner som uttrycks i en cell, vävnad eller organism vid ett givet tillfälle.
+```
+
+### 2. Vad menas med ett homogenisat?
+```spoiler-block:
+En cell- eller vävnadssuspension där celler har brutits sönder.
+```
+
+### 3. Egenskaper hos proteiner som kan användas för rening
+```spoiler-block:
+Storlek, laddning, hydrofobicitet och specifik bindningsförmåga.
+```
+
+### 4. I vilken ordning elueras proteiner vid gelfiltrering?
+```spoiler-block:
+Stora proteiner först, små sist.
+```
+
+### 5. Vilken laddning har proteiner som binder en katjonbytare?
+```spoiler-block:
+Positiv laddning.
+```
+
+### 6. Vilken laddning har proteiner som inte binder till katjonbytare?
+```spoiler-block:
+Negativ eller neutral laddning.
+```
+
+### 7. Vilken laddning har proteiner som binder en anjonbytare?
+```spoiler-block:
+Negativ laddning.
+```
+
+### 8. Vilken laddning har proteiner som inte binder till anjonbytare?
+```spoiler-block:
+Positiv eller neutral laddning.
+```
+
+### 9. Hur eluerar man protein från en katjonbytare?
+```spoiler-block:
+Genom ökad salthalt eller ändrat pH.
+```
+
+### 10. Vad menas med affinitetskromatografi?
+```spoiler-block:
+Rening baserad på specifik bindning mellan protein och ligand.
+```
+
+### 11. Hur elueras 6xHis-protein från Ni²⁺-kolonn?
+```spoiler-block:
+Med imidazol.
+```
+
+### 12. Vad kallas det automatiserade systemet för proteinrening?
+```spoiler-block:
+ÄKTA-system.
+```
+
+### 13. Vilken parameter följs oftast?
+```spoiler-block:
+Absorbans vid 280 nm.
+```
+
+### 14. Vilken gel används i SDS-PAGE?
+```spoiler-block:
+Polyakrylamidgel.
+```
+
+### 15. Vad är SDS?
+```spoiler-block:
+Ett anjoniskt detergent (natriumdodecylsulfat).
+```
+
+### 16. Vilken laddning har SDS?
+```spoiler-block:
+Negativ.
+```
+
+### 17. Vad hamnar högst upp respektive längst ner i SDS-PAGE?
+```spoiler-block:
+Stora proteiner överst, små längst ner.
+```
+
+### 18. Hur visualiseras SDS-PAGE?
+```spoiler-block:
+Coomassie-färgning eller silverfärgning.
+```
+
+### 19. Vad menas med proteinreferens?
+```spoiler-block:
+Molekylviktsmarkör (protein ladder).
+```
+
+### 20. Vad är isoelektrisk fokusering?
+```spoiler-block:
+Separation av proteiner efter deras isoelektriska punkt (pI).
+```
+
+### 21. Vad är tvådimensionell gelelektrofores?
+```spoiler-block:
+Kombination av isoelektrisk fokusering och SDS-PAGE.
+```
+
+### 22. Hur används SDS-PAGE för att följa proteinrening?
+```spoiler-block:
+Genom att analysera renhet och bandintensitet över reningssteg.
+```
+
+### 23. Vad är en antikropp?
+```spoiler-block:
+Ett protein som specifikt binder ett antigen.
+```
+
+### 24. Vad är ett antigen?
+```spoiler-block:
+En molekyl som känns igen av antikroppar.
+```
+
+### 25. Vad är en epitop?
+```spoiler-block:
+Den del av antigenet som antikroppen binder.
+```
+
+### 26. Vad kännetecknar en monoklonal antikropp?
+```spoiler-block:
+Binder en enda specifik epitop.
+```
+
+### 27. Vad kännetecknar polyklonala antikroppar?
+```spoiler-block:
+Binder flera epitoper på samma antigen.
+```
+
+### 28. Hur tillverkas monoklonala antikroppar?
+```spoiler-block:
+Via hybridomteknik (B-cell + myelomcell).
+```
+
+### 29. Beskriv ELISA
+```spoiler-block:
+En enzymbaserad metod för att detektera antigen eller antikroppar.
+```
+
+### 30. Beskriv indirekt ELISA
+```spoiler-block:
+Antigen på platta → primärantikropp → enzymkopplad sekundärantikropp.
+```
+
+### 31. Beskriv Sandwich ELISA
+```spoiler-block:
+Antigen fångas mellan två antikroppar.
+```
+
+### 32. Vilken ELISA-metod är mest specifik?
+```spoiler-block:
+Sandwich ELISA.
+```
+
+### 33. Kliniska applikationer för ELISA
+```spoiler-block:
+Indirekt: antikroppsdetektion (infektioner).  
+Sandwich: antigen-/hormondetektion.
+```
+
+### 34. Vad är Western blot?
+```spoiler-block:
+Proteiner separeras med SDS-PAGE, överförs till membran och detekteras med antikroppar.
+```
+
+### 35. Skillnad mellan SDS-PAGE och Western blot?
+```spoiler-block:
+SDS-PAGE separerar proteiner; Western blot identifierar specifika proteiner.
+```
+
+### 36. Vad kan masspektrometri detektera?
+```spoiler-block:
+Proteiner, peptider, metaboliter och lipider.
+```
+
+### 37. Användningsområden för masspektrometri
+```spoiler-block:
+Proteomik, identifiering av proteiner, posttranslationella modifieringar.
+```
+
+### 38. Varför behövs kristaller för röntgenkristallografi?
+```spoiler-block:
+För att ge regelbundet diffraktionsmönster.
+```
+
+### 39. Varför är hög upplösning viktig?
+```spoiler-block:
+För att kunna se atomära detaljer i strukturen.
+```
+
+### 40. Vanligaste atomen i NMR?
+```spoiler-block:
+¹H (väte).
+```
+
+### 41. Fördel med kryo-EM jämfört med röntgenkristallografi?
+```spoiler-block:
+Kräver inga kristaller och kan studera stora komplex i nära nativt tillstånd.
+```