vault backup: 2025-11-21 08:55:49

.idea/workspace.xml

@@ -4,7 +4,7 @@
     <option name="autoReloadType" value="SELECTIVE" />
   </component>
   <component name="ChangeListManager">
-    <list default="true" id="d89ddef3-0f6b-45b8-91d4-ca4b15835330" name="Changes" comment="Disable graph" />
+    <list default="true" id="d89ddef3-0f6b-45b8-91d4-ca4b15835330" name="Changes" comment="Comment out all footer" />
     <option name="SHOW_DIALOG" value="false" />
     <option name="HIGHLIGHT_CONFLICTS" value="true" />
     <option name="HIGHLIGHT_NON_ACTIVE_CHANGELIST" value="false" />
@@ -96,7 +96,7 @@
       <workItem from="1763368336948" duration="74000" />
       <workItem from="1763468129001" duration="1460000" />
       <workItem from="1763591031608" duration="2000" />
-      <workItem from="1763668772985" duration="1469000" />
+      <workItem from="1763668772985" duration="2054000" />
     </task>
     <task id="LOCAL−00001" summary="Update">
       <option name="closed" value="true" />
@@ -248,7 +248,23 @@
       <option name="project" value="LOCAL" />
       <updated>1763704389594</updated>
     </task>
-    <option name="localTasksCounter" value="21" />
+    <task id="LOCAL-00021" summary="Comment out footer">
+      <option name="closed" value="true" />
+      <created>1763704635952</created>
+      <option name="number" value="00021" />
+      <option name="presentableId" value="LOCAL-00021" />
+      <option name="project" value="LOCAL" />
+      <updated>1763704635952</updated>
+    </task>
+    <task id="LOCAL-00022" summary="Comment out all footer">
+      <option name="closed" value="true" />
+      <created>1763704774833</created>
+      <option name="number" value="00022" />
+      <option name="presentableId" value="LOCAL-00022" />
+      <option name="project" value="LOCAL" />
+      <updated>1763704774833</updated>
+    </task>
+    <option name="localTasksCounter" value="23" />
     <servers />
   </component>
   <component name="TypeScriptGeneratedFilesManager">
@@ -261,7 +277,9 @@
     <MESSAGE value="Add biokemi link" />
     <MESSAGE value="Update" />
     <MESSAGE value="Disable graph" />
-    <option name="LAST_COMMIT_MESSAGE" value="Disable graph" />
+    <MESSAGE value="Comment out footer" />
+    <MESSAGE value="Comment out all footer" />
+    <option name="LAST_COMMIT_MESSAGE" value="Comment out all footer" />
   </component>
   <component name="github-copilot-workspace">
     <instructionFileLocations>

content/.obsidian/workspace.json

@@ -6,7 +6,7 @@
       {
         "id": "3f6b32748450846e",
         "type": "tabs",
-        "dimension": 30.91353996737357,
+        "dimension": 45.51192145862552,
         "children": [
           {
             "id": "a08a21064c3e182b",
@@ -14,7 +14,7 @@
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
+                "file": "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false
               },
@@ -27,7 +27,7 @@
       {
         "id": "656e3366de8b7874",
         "type": "tabs",
-        "dimension": 69.08646003262643,
+        "dimension": 54.48807854137448,
         "children": [
           {
             "id": "6be8a23612495802",
@@ -35,12 +35,12 @@
             "state": {
               "type": "markdown",
               "state": {
-                "file": "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
+                "file": "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
                 "mode": "source",
                 "source": false
               },
               "icon": "lucide-file",
-              "title": "Stoff"
+              "title": "Provfrågor"
             }
           }
         ]
@@ -100,7 +100,8 @@
       }
     ],
     "direction": "horizontal",
-    "width": 200
+    "width": 384.5,
+    "collapsed": true
   },
   "right": {
     "id": "0948c66181b40af9",
@@ -188,7 +189,8 @@
       }
     ],
     "direction": "horizontal",
-    "width": 200
+    "width": 200,
+    "collapsed": true
   },
   "left-ribbon": {
     "hiddenItems": {
@@ -204,11 +206,23 @@
   },
   "active": "6be8a23612495802",
   "lastOpenFiles": [
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Lärandemål.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Anteckningar.md",
+    "attachments/Pasted image 20251121081958.png",
+    "attachments/Pasted image 20251121081923.png",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Instuderingsfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation",
+    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
+    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Lärandemål.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Stoff.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Stoff.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Anteckningar.md",
     "PU/Tystnadsplikt AI-svar.md",
@@ -221,8 +235,6 @@
     "attachments/Pasted image 20251120114332.png",
     "attachments/Pasted image 20251120114149.png",
     "attachments/Pasted image 20251120114017.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120113850.png",
-    "attachments/Pasted image 20251120113832.png",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Lärandemål.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Instuderingsfrågor.md",
     "index.md",
@@ -232,23 +244,13 @@
     "Biokemi/Proteinseminarie/Stödord.md",
     "Anatomi.md",
     "Biokemi/Introduktion.md",
-    "PU/PU.md",
-    "Untitled.md",
-    "Anatomi & Histologi/Anatomi/index.md",
-    "Studieteknik/Export all to anki.md",
     "Anatomi & Histologi",
-    "Biokemi/!Template/Lärandemål.md",
-    "Biokemi/!Template/Provfrågor.md",
     "Biokemi/Cellulära processer/Translation",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kromatin",
     "Biokemi/Cellulära processer/Kontroll avgenuttryck iprokaryoter",
     "Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation",
     "Biokemi/Metabolism",
-    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md",
     "Biokemi/Cellulära processer",
-    "Biokemi/Cellulära processer.md",
-    "Biokemi/Makromolekyler",
-    "Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Anteckningar.md",
-    "Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes"
+    "Biokemi/Makromolekyler"
   ]
 }

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md

@@ -0,0 +1,11 @@
+Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel.
+Var är ett origin of replication?
+Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand?
+Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser?
+Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet?
+Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym?
+Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler?
+Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas?
+Hur fungerar helikas?
+Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler?
+Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur?

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+- Grundläggande enzymatiska processer vid DNA replikation
+- Replikationsgaffeln och repliosomen.
+- Enzymatiska aktiviteter inom molekylärbiologin: endonukleas, exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA ligas.
+- Processivitet och proofreading.
+- DNA-molekylens topologiska egenskaper: superhelicitet och topoisomeraser.
+
+**Mål – Studenten ska kunna**
+Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,89 @@
+Vilka två påståenden om eukaryot DNA-replikation är korrekta? (2p)
+
+- ORC binder till replikationsorigin under hela cellcykeln.
+- DNA-syntes initieras i M-fas.
+- CMG-komplexet bildas genom bindning av MCM, GINS och Cdc45.
+- MCM-helikaset är aktivt under hela cellcykeln.
+
+----
+
+DNA-replikation är en noggrant reglerad process. I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset
+till replikationsorigin, och vilken funktion har detta komplex under replikationen? (4p)
+
+----
+
+A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
+B) Hur ser denna faktor ut?
+(4p)
+
+----
+
+Vilka två påståenden om DNA-replikation stämmer? (2p)
+
+- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”
+- Flap endonuclease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
+- Topoisomeraser kan ta bort supercoils.
+- DNA replikation sker alltid i 3´ till 5´-riktning.
+
+----
+
+Initiering av eukaryot DNA-replikation är en noggrant reglerad process.
+A) I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset till replikationsorigin.
+B) I vilken fas av cellcykeln binder Cdc45 och GINS till MCM-helikaset?
+C) Vad heter det proteinkomplex som är bundet till replikationsorigin under hela cellcykeln?
+D) Vad gör CMG-helikaset när DNA-replikationen skall initieras?
+(4p) (Max 15 ord.)
+
+----
+
+![[Pasted image 20251121081923.png]]
+På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel.
+
+A) Ange för positionerna a, b, c och d om de motsvarar en 5’ eller 3’-ände.
+Vid DNA replikation skapas de två strängarna på litet olika vis.
+B) Vad kallas strängen som markerats med e?
+C Vad kallas strängen som markerats med f?
+
+----
+
+På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel. Fyra olika replikationsfaktorer är markerade på
+denna bild. Vad heter de olika faktorerna vid pil a, b, c och d? (4p)
+
+![[Pasted image 20251121081958.png]]
+
+----
+
+a) Vilken roll spelar DNA-polymeras epsilon?
+b) Hur kan PCNA påverka aktiviteten hos DNA-polymeras epsilon?
+(4p)
+
+----
+Enzymet flap endonuclease 1 (FEN1) är viktigt vid eukaryot DNA replikation. Vad gör detta enzym? (2p)
+
+----
+A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
+B) Vilken form har denna faktor?
+
+----
+Vilka två av följande påståenden är korrekta?
+- Flap endonuklease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
+- DNA replikation sker alltid i 5´ till 3´-riktning.
+- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”.
+- Topoisomeraser har en 5´ till 3´exonukleas-aktivitet.
+
+----
+Bacterial DNA may end up in a bacteriophage due to (choose one or more)/Bakteriellt DNA kan hamna i en bakteriofag för att (välj ett eller flera alternativ): (1p)
+
+**Välj ett eller flera alternativ:**
+
+- Errors during the assembly of new bacterophages./Fel som sker när nya bakteriofager sätts samman.
+- The small and circular nature of bacterial DNA./Bakteriellt DNA är cirkulärt och litet.
+- Template switching during bacterophage DNA replication./Ändring av mall när bakteriofagens DNA replikeras.
+- Imprecise excision of the prophage./Inexakt utklippning av profagen.
+
+----
+Vid eukaryot DNA replikation så spelar CMG-helikaset en viktig roll. Detta helikas består av tre delar: MCM, Gins och Cdc45. (Max 50 ord.)
+
+a. I vilken fas av cellcykeln binder MCM till replikations-origin?
+b. I vilken fas av cellcykeln binder Gins och Cdc45 till MCM?
+c. Varför är det viktigt att separera laddningen av MCM helikaset från dess aktivering med hjälp av Gins och Cdc45?

content/Biokemi/Cellulära processer/Initiering och terminering av DNA replikation/Instuderingsfrågor.md

@@ -1,4 +1,4 @@
-#### Instuderingsfrågor – Initiering och terminering av eukaryot DNA replikation.  
+#### Initiering och terminering av eukaryot DNA replikation.  
 #### Vad är PCNA?  
 #### Beskriv den roll ORC spelar vid initiering av eukaryot DNA-replikation. Vilken roll spelar Cdc6, Cdt1, och MCM-helikaset i denna process.  
 #### När i cell-cykeln och hur aktiveras MCM-helikaset?  

content/Biokemi/Cellulära processer/Kromatin/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,45 @@
+
+Beskriv nukleosomens uppbyggnad (Nucleosome core particle). Ange vilka komponenter som ingår och hur de är organiserade.
+
+Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
+
+- En nukleosom innehåller 8 proteiner.
+- I en nukleosom lindas DNA 2,75 varv runt ett proteinkomplex.
+- Acetylering kan neturalisera positiva laddningar i histonsvansar.
+- Med epigenetisk reglering menas reglering av genuttryck som endast beror av den nedärvda DNA sekvensen.
+
+Vilka två av följande påståenden om histoner är korrekta?
+
+- I kromatin ingår endast DNA, ej proteiner.
+- I en nukleosom är ~146 bp av DNA lindat kring en kärna av åtta histonproteiner.
+- Acetylering av histonsvansar kan neutralisera positiva laddningar.
+- Med begreppet histonkod avses DNA-sekvensen hos histongener.
+
+Vilka två påståenden om kromatin stämmer bäst? (1p)
+
+- Acetylering gör histonsvansar mer positivt laddade.
+- Topoisomeraser kan reglera aktiviteten i en kromatinfiber-loop.
+- Histon H1 destabiliserar nukleosomen.
+- Nukleosomen har en kärna av 8 histonproteiner.
+
+Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
+
+- En nukleosom innehåller 8 proteiner.
+- I en nukleosom lindas DNA 2,75 varv runt ett proteinkomplex.
+- Acetylering kan neturalisera positiva laddningar i histonsvansar.
+- Med epigenetisk reglering menas reglering av genuttryck som endast beror av den nedärvda DNA sekvensen.
+
+Var binder histon H1? Vilken roll spelar detta protein? (4p)
+
+Beskriv nukleosomens (Nucleosome core particle) uppbyggnad. Ange vilka komponenter som ingår och hur de är organiserade. (4p)
+
+Var sitter histon H1 och vilken roll spelar denna faktor? (4p)
+
+Histonmodifieringar spelar en viktig roll i kromatinets funktion. Vilken effekt har acetylering av histoner på kromatinstrukturen, och varför är detta viktigt för genuttryck? (4p)
+
+Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)
+
+- Histon H1 binder linker-DNA och stabiliserar nukleosomen.
+- Kromatin består endast av DNA.
+- Acetylering av histoner leder till en mer kondenserad kromatinstruktur.
+- Kromatin finns endast i eukaryota celler.

content/Biokemi/Cellulära processer/RNA syntes/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,87 @@
+Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi?
+
+Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
+Vilket/vilka påstående(n) om denna process stämmer?
+
+- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
+- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
+- TFIIE Binder till TATA-boxen.
+- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
+
+Förklara hur korrekturläsning fungerar på molekylär nivå under bakteriell replikation. (2p)
+
+Vilken roll spelar Mediatorn vid transkriptionell aktivering? (2p)
+
+Vilket/vilka av följande alternativ beskriver en funktion för poly-A svansen i 3'–änden på eukaryot mRNA? (1p)
+
+**Välj ett eller flera alternativ:**
+
+- Reglerar mRNA-molekylens halveringstid
+- Skyddar mot felaktig splicing
+- Samverkar med 5'-cap för att stimulera translation
+- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan
+
+Vilket protein behövs ofta för att initiera transkription av bakteriellt RNA-polymeras? Hur underlättar det initieringen? (2p)
+
+Vad är intron och exon? (2p)
+
+Hur kan en punktmutation i ett intron leda till human sjukdom? (2p) (Max 25 ord).
+
+Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
+
+Vilka två av följande påståenden är korrekta?
+
+- TBP binder till TATA-boxen.
+- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
+- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
+- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
+
+A) Var återfinns alfa-amanitin i naturen?
+B) Vilket enzym inhiberar denna substans?
+
+Vilka två av följande alternativ beskriver funktioner för poly-A svansen i 3'–änden på eukaryot mRNA?
+
+- Stimulerar transport av mRNA in till cellkärnan.
+- Skyddar mot felaktig splicing.
+- Stimulerar translation.
+- Reglerar mRNA-molekylens halveringstid.
+
+Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription ingår flera basala transkriptionsfaktorer.
+
+Vilka två av följande påståenden är korrekta?
+
+- TBP binder till TATA-boxen.
+- TFIIF är den första faktor som binder till promotorn.
+- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
+- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikas-aktivitet.
+
+Vilka två alternativ är korrekta vad gäller 5' cap hos eukaryot mRNA? (1p)
+- Stimulerar syntes av polyA-svansen.
+- Skyddar mot felaktig splicing.
+- Skyddar mRNA från nedbrytning.
+- Består av nukleotid bunden via en 5’
+
+Hur kan en mutation i ett icke-kodande intron ge upphov till sjukdom, t.ex. talassemi?(4p)
+
+Vilka två påståenden stämmer om splicing? (2p)
+
+- Vid alternativ splicing kan även exon tas bort.
+- Greningsstället är alltid ett G.
+- Spliceosomen består av både proteiner och RNA.
+- En lariatstruktur består alltid av två sammanlänkade exoner.
+
+Vid initiering av RNA polymeras II-beroende transkription samverkar flera basala transkriptionsfaktorer. Vilka två påståenden om denna process stämmer? (2p)
+
+- TFIIH kan smälta dubbelsträngat DNA med sin helikasaktivitet.
+- TFIIB fosforylerar den C-terminala domänen (CTD) på RNA polymeras II.
+- TBP ingår som en subenhet i det större TFIIF-komplexet.
+- TBP binder till TATA-boxen.
+
+Vilken är den biologiska betydelsen av den 5’-cap som återfinns på mRNA i eukaryota celler? (4p)
+
+Vilka två påståenden om RNA-splicing är korrekta? (2p)
+
+- Spliceosomen består av både RNA och proteiner.
+- Splicingprocessen sker i cellens cytoplasma.
+- Splicing sker endast i prokaryoter.
+- En lariatstruktur bildas.