vault backup: 2025-11-21 08:55:49

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Instuderingsfrågor.md

@@ -0,0 +1,11 @@
+Förklara följande begrepp: replikationsbubbla och replikationsgaffel.
+Var är ett origin of replication?
+Hur skiljer sig DNA-syntes åt på leading och lagging strand?
+Vilken funktion har 3’ till 5’-exonukleas-aktiviteten som återfinns hos många DNA-polymeraser?
+Vad är processivitet? Hur kan en sliding clamp stimulera processivitet?
+Vad är ett primas? När behövs ett sådant enzym?
+Hur går “Okazaki fragment maturation” till i våra celler?
+Vilka aktiviteter är förknippade med exonukleas och endonukleas?
+Hur fungerar helikas?
+Vilken roll spelar enkelsträngsbindande proteiner? Vad heter detta protein i våra celler?
+Varför bildas positiva supercoils? Vilka enzymer kan ta bort supercoils och hur?

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Lärandemål.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+- Grundläggande enzymatiska processer vid DNA replikation
+- Replikationsgaffeln och repliosomen.
+- Enzymatiska aktiviteter inom molekylärbiologin: endonukleas, exonukleas, restriktionsendonukleaser, omvänt transkriptas, DNA ligas.
+- Processivitet och proofreading.
+- DNA-molekylens topologiska egenskaper: superhelicitet och topoisomeraser.
+
+**Mål – Studenten ska kunna**
+Beskriva hur DNA replikeras i eukaryota celler. Funktionen hos enzymer som verkar på DNA.

content/Biokemi/Cellulära processer/DNA replikation/Provfrågor.md

@@ -0,0 +1,89 @@
+Vilka två påståenden om eukaryot DNA-replikation är korrekta? (2p)
+
+- ORC binder till replikationsorigin under hela cellcykeln.
+- DNA-syntes initieras i M-fas.
+- CMG-komplexet bildas genom bindning av MCM, GINS och Cdc45.
+- MCM-helikaset är aktivt under hela cellcykeln.
+
+----
+
+DNA-replikation är en noggrant reglerad process. I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset
+till replikationsorigin, och vilken funktion har detta komplex under replikationen? (4p)
+
+----
+
+A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
+B) Hur ser denna faktor ut?
+(4p)
+
+----
+
+Vilka två påståenden om DNA-replikation stämmer? (2p)
+
+- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”
+- Flap endonuclease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
+- Topoisomeraser kan ta bort supercoils.
+- DNA replikation sker alltid i 3´ till 5´-riktning.
+
+----
+
+Initiering av eukaryot DNA-replikation är en noggrant reglerad process.
+A) I vilken fas av cellcykeln binder MCM-helikaset till replikationsorigin.
+B) I vilken fas av cellcykeln binder Cdc45 och GINS till MCM-helikaset?
+C) Vad heter det proteinkomplex som är bundet till replikationsorigin under hela cellcykeln?
+D) Vad gör CMG-helikaset när DNA-replikationen skall initieras?
+(4p) (Max 15 ord.)
+
+----
+
+![[Pasted image 20251121081923.png]]
+På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel.
+
+A) Ange för positionerna a, b, c och d om de motsvarar en 5’ eller 3’-ände.
+Vid DNA replikation skapas de två strängarna på litet olika vis.
+B) Vad kallas strängen som markerats med e?
+C Vad kallas strängen som markerats med f?
+
+----
+
+På bilden syns en eukaryot replikationsgaffel. Fyra olika replikationsfaktorer är markerade på
+denna bild. Vad heter de olika faktorerna vid pil a, b, c och d? (4p)
+
+![[Pasted image 20251121081958.png]]
+
+----
+
+a) Vilken roll spelar DNA-polymeras epsilon?
+b) Hur kan PCNA påverka aktiviteten hos DNA-polymeras epsilon?
+(4p)
+
+----
+Enzymet flap endonuclease 1 (FEN1) är viktigt vid eukaryot DNA replikation. Vad gör detta enzym? (2p)
+
+----
+A) Vilken roll spelar PCNA vid den eukaryota replikationsgaffeln?
+B) Vilken form har denna faktor?
+
+----
+Vilka två av följande påståenden är korrekta?
+- Flap endonuklease 1 (FEN1) kan hjälpa till att ta bort en RNA-primer.
+- DNA replikation sker alltid i 5´ till 3´-riktning.
+- Okazaki-fragment bildas under syntes av ”leading strand”.
+- Topoisomeraser har en 5´ till 3´exonukleas-aktivitet.
+
+----
+Bacterial DNA may end up in a bacteriophage due to (choose one or more)/Bakteriellt DNA kan hamna i en bakteriofag för att (välj ett eller flera alternativ): (1p)
+
+**Välj ett eller flera alternativ:**
+
+- Errors during the assembly of new bacterophages./Fel som sker när nya bakteriofager sätts samman.
+- The small and circular nature of bacterial DNA./Bakteriellt DNA är cirkulärt och litet.
+- Template switching during bacterophage DNA replication./Ändring av mall när bakteriofagens DNA replikeras.
+- Imprecise excision of the prophage./Inexakt utklippning av profagen.
+
+----
+Vid eukaryot DNA replikation så spelar CMG-helikaset en viktig roll. Detta helikas består av tre delar: MCM, Gins och Cdc45. (Max 50 ord.)
+
+a. I vilken fas av cellcykeln binder MCM till replikations-origin?
+b. I vilken fas av cellcykeln binder Gins och Cdc45 till MCM?
+c. Varför är det viktigt att separera laddningen av MCM helikaset från dess aktivering med hjälp av Gins och Cdc45?